Glossário para uso do sistema alelomicro

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Glossário e princípios básicos para uso do sistema alelomicro

O esquema abaixo ilustra de maneira simplificada a estrutura e os conceitos de Linhagem (microrganismo) de Subcoleção, de Acesso ou Item de Subcoleção (linhagem específica dentro de determinada Subcoleção) e Amostra do Acesso ou Item de Subcoleção (componente físico na coleção = criotubo, ampola, etc).

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Glossário

Linhagem

Linhagem, cepa, estirpe ou isolado é o microrganismo que será disposto como Acesso em uma ou mais Subcoleções. A Linhagem possui, no sistema, uma tela para cadastramento de seus detalhes (“dados de passaporte”) referentes ao local de sua coleta, pessoal envolvido em sua coleta e sua identificação taxonômica e características gerais. A Linhagem tem como identificador principal um número inteiro (código) que segue o prefixo “BRM’. Assim, existe um cadastro único de Linhagens para todos os usuários do sistema, com códigos de Linhagem BRM00001, BRM00002, BRM00003, etc. Após o cadastramento da Linhagem no sistema, o responsável pela Subcoleção deve registrar tal linhagem como Acesso ou Item de Subcoleção. Ex. após cadastrar a linhagem BRM000756, o responsável cadastra o Acesso YYY na Subcoleção, “amarrado” ao número BRM000756. Uma mesma Linhagem pode estar presente em mais de uma Subcoleção. Ex. a mesma linhagem BRM000756 pode estar na Subcoleção A com o código de Acesso YYY e na Subcoleção B com o código de Acesso ZZZ.

Coleção

As Coleções de microrganismos estão classificadas em Centros de Recursos Biológicos (CRB) ou Institucionais (CI). Uma Coleção tem um nome e uma sigla. Uma Coleção é composta de 1 ou mais Subcoleções.

Subcoleção

A Subcoleção está necessariamente ligada a uma Coleção. Também possui um nome e uma sigla. As Subcoleções são compostas de Acessos ou Itens de Subcoleção.

Acesso ou Item de Subcoleção

É uma Linhagem que foi incorporada a uma determinada Subcoleção. Um Acesso tem como identificador principal um número inteiro que segue o prefixo da Subcoleção ao qual é parte integrante. Por exemplo, em uma Subcoleção cujo prefixo do Acesso seja MC, podem existir os Acessos MC1, MC2, MC3, etc. Um Acesso pode apresentar uma ou mais amostras do acesso.

Amostra do Acesso

É um exemplar (ampola, criotubo, etc.) de determinado Acesso que está conservado em determinada forma (por exemplo: liofilizado, papel filtro, Castellani, etc) que tem como identificador principal a forma de conservação e a data em que foi oficialmente incorporado (incorporação da primeira amostra) como amostra de determinado Acesso na Subcoleção. Exemplo: no endereço “geladeira A, caixa B, Tubo 3” existem 5 amostras do acesso MC3 na Subcoleção CBI em ampolas na forma liofilizada.

Procedência do Acesso

Algumas vezes, o Acesso que será incorporado à Subcoleção não foi obtido pelo responsável ou curador através da coleta, mas sim por doação de material feita por outra instituição. A procedência do Acesso refere-se à instituição e país de onde proveio o material DOADO que ora está sendo incorporado à Subcoleção. Caso o Acesso tenha sido coletado e isolado pelo próprio curador, o usuário não deverá preencher o campo “Instituição de procedência” na incorporação desse Acesso na Subcoleção.

Meu código de Acesso

Em alguns casos, antes de efetivamente incorporar um Acesso à Subcoleção, o curador ou responsável precisa manipulá-lo em laboratório ou executar outras providências com material que não foi ainda incorporado. Neste caso, o curador pode criar um código temporário para registrar os eventos antes da incorporação. Em seguida, quando o curador for incorporar o material à coleção irá fazê-lo gerando um número de Acesso. Para manter a rastreabilidade do que foi feito com o material, se desejado é possível registrar no sistema o código temporário que foi utilizado antes da incorporação. Denomina-se este código temporário de “Meu código de Acesso”. Esse campo é opcional, dependendo da necessidade específica de cada Subcoleção, e não precisa ser obrigatoriamente preenchido.

Característica da linhagem

Refere-se à natureza da Linhagem, como por exemplo, ser entomopatogênico, fitopatogênico, multifuncional OGM, etc. É possível ser inserida 1 ou mais características de determinada Linhagem na ficha de inclusão.

Substrato

Refere-se à característica geral mais marcante do lugar onde a Linhagem foi coletada. O substrato geralmente é um componente, como o ar, água, sangue, leite, fezes, madeira, solo, etc.; e pode ser mais específico como “fruto (baga de uva)”, “mosto de fermentação”, etc. Existe uma flexibilidade no uso do campo substrato, procurando atender as diferentes características dos microrganismos e coleções. O usuário poderá inserir novos substratos que forem pertinentes ao grupo de microrganismo que trabalha.

Hospedeiro

Refere-se a um ser vivo que se relaciona de alguma forma com o microrganismo (parasitismo, simbiose, etc.). Incluem animais (vertebrados, invertebrados), plantas ou até mesmo outro microrganismo. A identificação de um hospedeiro é feita obrigatoriamente pelo táxon do organismo, tal descritor está relacionado ao banco de dados de taxonomia. Assim, a escolha do campo hospedeiro deve ser preferida, quando possível, em relação ao registro como substrato. Ex. é mais preciso indicar o gênero ou espécie de um hospedeiro vegetal do que o substrato “folha” no cadastro de um fitopatógeno.

Isoladores da Linhagem

São as pessoas (preferencialmente nome completo) que isolaram e/ou purificaram a nova Linhagem coletada no campo.

Identificadores da Linhagem

São as pessoas (preferencialmente nome completo) que identificaram o grupo taxonômico da nova Linhagem coletada no campo.

Método de identificação

São os métodos usados para realizar a identificação do grupo taxonômico da Linhagem coletada (convencional, marcadores moleculares, etc).

Meio de cultura

São os meios de cultura ou células de hospedeiros utilizados para o isolamento e purificação da Linhagem ou o meio/crioprotetores utilizados no armazenamento do Acesso.