AleloVegetal: Tutorial migração assistida de dados
Migração assistida de dados é o termo usado para denominar a atividade realizada pela equipe de documentação do Portal Alelo Recursos Genéticos para o reconhecimento, avaliação e importação de planilhas e outros meios de organização de dados e informações de recursos genéticos de modo que possam formar a base de dados das coleções e bancos de germoplasma no Sistema Alelo. Uma dos principais objetivos da atividade é evitar duplicatas e inconsistência de dados no sistema. Geralmente as informações em forma de planilha são usadas por pesquisadores e profissionais de coleções e bancos de germoplasma para a gestão de acervo de recursos genéticos.
Índice
Etapas da migração de dados
A atividade da equipe Alelo consiste em receber as informações do Curador em seu formato original, conforme sua própria organização, e prepará-la para envio à base de dados do sistema Alelo. Algumas etapas são importante até que as informações sejam migradas para a base de dados do Alelo: primeiramente, após o recebimento dos dados, é feita uma primeira avaliação pela equipe de desenvolvimento na qual dúvidas e possíveis inconsistências, como duplicação ou ausências de dados obrigatórios, são verificadas diretamente com o Curador. Numa segunda etapa os dados e informações são padronizados e enviados para uma base de dados provisória, para uma nova conferência. Somente após esta última avaliação, os dados são considerados aptos a compor a base de dados do do sistema Alelo, conforme as orientações de restrição definidas pelo Curador, que passa a assumir a gestão das informações.
Importante destacar que para o melhor uso das funcionalidades do Sistema Alelo, a Migração assistida de dados ocorra antes do treinamento dos profissionais no uso da ferramenta, de modo que possam reconhecer suas informações dentro do sistema ao mesmo tempo fazer o uso da funções de gestão disponíveis em seu ambiente. A primeira carga de informações de uma coleção ou banco de germoplasma no Sistema Alelo pode ser feita com os dados básicos que o Curador disponha. É importante porém que estejam em formato digital. Caso ainda não possua os dados digitalizados, recomenda-se que sejam feitos em forma de planilha.
Migração de dados no sistema AleloVegetal
Dados de Passaporte
São considerados dados obrigatórios de Passaporte:
- Código local
- Nome científico
- Data de entrada no BAG/Coleção
- Forma de obtenção
- Código BRA (gerado automaticamente pelo Alelo)
Outros dados importantes
- Status biológico
- Nome comum (*)
- Instituição de procedência
- Local de procedência
- Data de introdução
- Forma de conservação (*)
- Data de obtenção
- Local de obtenção
- Código do coletor
- Latitude
- Longitude
- Altitude
- Observação: para preparo de planilhas, em caso de haver mais de um valor para o mesmo tipo de informação, pode ser inserido uma coluna para cada valor.
O Curador pode informar os dados que tenha disponível, na melhor organização possível. Um acervo mais antigo, por exemplo, pode não possuir dados de georreferenciamento. Nesse casos os dados de município, onde ocorreu a coleta, podem suprir e apoiar futuras consultas. Dados de taxonomia, localidades e instituições, por exemplo, passam por revisão e conferência de informações antes de serem validadas em sistema.
Dados de observação
O Módulo Observação do Sistema Alelo é responsável por armazenar e gerenciar informações das atividades de avaliação e caracterização realizadas nas coleções e bancos de germoplasma do sistema. Para realizar a migração assistida de dados, o Curador deve ter em mãos a definição dos descritores de sua coleção, em arquivo eletrônico. Para dados de ensaio de BAG ou coleção, a equipe Alelo está disponível para apoiar a migração inicial das informações. Uma vez no Alelo, dados e informações passam a ser controlados pelo próprio Curador, no sistema, incluindo as restrições e disponibilidades na web.
Dados de conservação
O Módulo Conservação do sistema AleloVegetal é responsável pelo mapeamento de endereço de localização do acervo de coleção ou BAG. O modelo pode ser usado desde o “endereçamento” florestas, com apoio dos dados de georreferenciamento, como também para localizar o acesso em câmaras frias. por exemplo: Câmara > Corredor > Prateleira > Caixa > Linha > Coluna.
Para simplificar a carga inicial de dados de uma coleção, o Curador deve ter em mãos a definição da estrutura de armazenamento dos acessos organizada por níveis de hierarquia. Além da forma de endereçamento de conservação, indicadores como poder germinativo, umidade, frequência de poda, entre outros, podem ser registrados e controlados pelo próprio Curador no sistema Alelo.
Envio de informações
O envio de planilhas e documentos pode ser feito por meio dos e-mails: cenargen.nti@embrapa.br; gilberto.hiragi@embrapa.br (Supervisor do NTI); renato.sales@embrapa.br (Desenvolvedor)
O Curador deve informar no e-mail:
- nome do BAG/Coleção;
- breve descritivo do conteúdo enviado;
- nome do Curador; e
- nome dos Empregados para gestão dos dados no Alelo.
Prazo de migração de dados
O tempo necessário à migração de dados para o sistema Alelo depende da qualidade e quantidade de dados enviado pelo Curador. O prazo médio é de 15 dias e depende da demanda existente à época do envio da planilha e da qualidade dos dados constantes no arquivo enviado. No final do ano por exemplo, quando se faz importante para Curadores a produção de relatórios de desempenho, é comum haver uma grande quantidade de demandas para o setor.
Dados complementares
Gênero Arachis Nome científico Arachis (sect.Arachis) sp. código local AAA0000 (letras e numeração sequencial) TRE21 forma de obtenção Coleta data de entrada no BAG [ ] Sim ou não se faz parte de coleção de base Referência (texto de referência sobre o acesso)
Após salvar:
Aba "Identificação (00195791-9/21) (*número BRA/Número local)
Opções "Dados de entrada"
[Dados de entrada] Orelha 1 21 Formas de obtenção: Coleta Data Entrada no BAG: 12/01/2019 TRE: 00195791-9 (Código BRA) Faz parte da coleção de base: Não Referência: Texto de referência sobre o acesso. Teste. Coletado em fazenda nos arredores de Recife-PE Link de acesso no Genesys: (Aparece vazio) botão [Editar] (*É possível editar os dados de entrada)
[Taxonomia] Gênero: Arachis Nome Científico: Arachis (sect. Arachis) sp. Novo Nome Científico: Não Informado (*Novo nome científico aparece em branco.) Produtos: Arachis botão [Editar] (*É possível mudar gênero e campos de nome científico; )
aba [denominações] incluir/alterar nomes comuns: tipo (opções admitidas: código em outra instituição, código local, nome comun, nome popular/etinográfico) denominação ordem (posicionamento na sequência de leitura) (operação de incluir)
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> aba [dados compartilhados] obtenção forma de obtenção data de obtenção local descrição do local altitude latitude longitude [ ] permitir consulta pública Sigla código do coletor Coletor(es) Status biológico [Tabela de referência] [ ] Espécie nativa Método de melhoramento [Tabela de referência] genealogia descrição do cruzamento observação sobre forma de obtenção
ABA [Usos do acesso]
ABA [Imagens do Acesso] Selecionar arquivo Selecionar autor (se não cadastrado, cadastrar) [ ] Permitir consulta pública Descrição (*Texto descritivo) Tabela com as imagens do acesso
ABA [Imagens do acesso]
ABA [Arquivos do acesso]
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> ABA dados do BAG
ABA [Passaporte estendido] Data de entrada no BAG [ ] Possui coleção nuclear [ ] Permitir consulta pública de passaporte estendido [ ] Caracterizado; [ ] Morfológico. [ ] Reprodutivo; [ ] Genética. Outra caracterização [*Campo de texto... ] Avaliado [ ]; Rendimento [ ]. Fator biótico [ ]; Fator abiótico [ ]. Outra avaliação [*Campo de texto... ] [ ] Se indisponível (qualquer motivo que indisponibilize o acesso) Motivo da indisponibilidade [*Campo texto... ] Observação [*Campo texto... ]
ABAS [outros códigos] Código | data de procedência | tipo de procedência | Local | Instituição | Operação botão [+Incluir]
ABA [Conservação] Editar Grupo de conservação [Selecionar grupo existente] Selecione a forma de conservação [ ] Bulbo [ ] Casa de vegetação [ ] Congelada [ ] Criopreservação [ ] DNA [ ] Esporo [ ] Extrato Cru Aquoso [ ] In situ [ ] In vitro [ ] Plantas no campo [ ] Pólen [ ] Raiz, tubérculo e rizoma [ ] Semente [ ] Semente -20ºC [ ] Telado [ ] Tubérculo [ ] Vasos e Sacos plásticos
Coleção temática
Característica
