AleloMicro-SiBBR: dicionário de dados
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A Plataforma Alelo Recursos Genéticos, da qual faz parte o Sistema AleloMicro, participa de projetos e iniciativas de compartilhamento de dados e informações de recursos genéticos de microrganismos em favor da valorização dos acervos e da atividade de conservação de recursos genéticos com objetivo de promover o desenvolvimento da pesquisa voltada a alimentação e agricultura. A integração das bases de dados do Sistema AleloMicro com o sistema SiBBr foi constituída a partir da ferramenta IPT (Integrated Publishing Toolkit) para estrutruração de conjunto de dados definidos a partir do reconhecimento dos padrões admitidos no desenho de informações do sistema Darwin Core. A documentação a seguir apresenta o dicionário de conversão de tabela de dados de ambos os sistemas.
Índice
- 1 nme_escopo
- 2 nme_instituicao
- 3 nme_colecao
- 4 subcolecao
- 5 brm
- 6 codigo_subcolecao
- 7 familia
- 8 genero
- 9 especie
- 10 subcategoria_taxonomia
- 11 hosp_familia
- 12 hosp_genero
- 13 hosp_especie
- 14 hosp_subcategoria
- 15 codigos_outras_instituicoes
- 16 nome_pais
- 17 nome_estado
- 18 nome_municipio
- 19 altitude
- 20 latitude
- 21 longitude
- 22 substrato
- 23 bioma_brasileiro
- 24 categoria_linhagem
- 25 metodo_identificacao
- 26 metodo_isolamento
- 27 meio_cultura_isolamento
- 28 coletores
- 29 identificadores
- 30 isoladores
- 31 Referências
nme_escopo
nme_instituicao
nme_colecao
subcolecao
SELECT 'Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia'
AS nme_instituicao, nme_colecao, sgl_subcolecao || '-' ||
nme_subcolecao AS subcolecao, sgl_escopo || ' ' ||
LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' || pfx_subcolecao || ' ' ||
CAST(num_subcolecao AS VARCHAR) AS numero_catalogo,
'BRA/' || sgl_subcolecao || '/' || sgl_escopo || ' ' ||
brm
codigo_subcolecao
LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' ||
pfx_subcolecao || ' ' || CAST(num_subcolecao AS VARCHAR)
AS idt_ocorrencia,
'PreservedSpecimen' as basisofrecord,
familia
genero
especie
subcategoria_taxonomia
case when niv.idt_nivel = 3 then 'class' else
case when niv.idt_nivel = 4 then 'order' else
case when niv.idt_nivel = 5 then 'family' else
case when niv.idt_nivel = 6 then 'genus' else
case when niv.idt_nivel = 7 then 'species' else
case when niv.idt_nivel = 8 then 'subspecies' else end
end
end
end
end
end as rank_taxonomico,
reino
case when niv.idt_nivel>0 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 1) else end as reino,
filo
case when niv.idt_nivel>1 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 2) else end as filo,
classe
case when niv.idt_nivel>2 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 3) else end as classe,
ordem
case when niv.idt_nivel>3 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 4) else end as ordem,
familia
case when niv.idt_nivel>4 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 5) else end as familia,
genero
case when niv.idt_nivel>5 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 6) else end as genero,
especie
case when (case when niv.idt_nivel>6 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 7) else end) = 'sp.' then else (case when niv.idt_nivel>6 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 7) else end) end as especie,
subcategoria
case when niv.idt_nivel>7 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 8) else end as subcategoria,
