Mudanças entre as edições de "AleloMicro-SiBBR: dicionário de dados"
De AleloWiki
(→Hospedeiro) |
(→Código de outras instituições) |
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AS otherCatalogNumbers, | AS otherCatalogNumbers, | ||
| − | CASE WHEN (nme_pais ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_pais END AS country, | + | {| class="wikitable" |
| − | + | !AleloWiki | |
| − | CASE WHEN (nme_estado ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_estado END AS stateProvince, | + | !''Darwin Core'' |
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| + | CASE WHEN (nme_pais ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_pais END AS country, | ||
| + | CASE WHEN (nme_estado ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_estado END AS stateProvince, | ||
CASE WHEN (sts_municipio_publico AND nme_municipio ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_municipio END AS county, | CASE WHEN (sts_municipio_publico AND nme_municipio ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_municipio END AS county, | ||
| + | |||
CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS minimumElevationInMeters, | CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS minimumElevationInMeters, | ||
| − | CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS maximumElevationInMeters, | + | CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS maximumElevationInMeters, |
| − | + | CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_latitude ELSE NULL END AS decimalLatitude, | |
| − | CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_latitude ELSE NULL END AS decimalLatitude , | ||
| − | |||
CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_longitude ELSE NULL END AS decimalLongitude, | CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_longitude ELSE NULL END AS decimalLongitude, | ||
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subs.nme_descritor as substrato, | subs.nme_descritor as substrato, | ||
Edição das 23h12min de 26 de novembro de 2020
A Plataforma Alelo Recursos Genéticos, da qual faz parte o Sistema AleloMicro, participa de projetos e iniciativas de compartilhamento de dados e informações de recursos genéticos de microrganismos em favor da valorização dos acervos e da atividade de conservação de recursos genéticos com objetivo de promover o desenvolvimento da pesquisa voltada a alimentação e agricultura. A integração das bases de dados do Sistema AleloMicro com o sistema SiBBr foi constituída a partir da ferramenta IPT (Integrated Publishing Toolkit) para estrutruração de conjunto de dados definidos a partir do reconhecimento dos padrões admitidos no desenho de informações do sistema Darwin Core.
Índice
- 1 Dicionário de mapeamento de atributos entre a base do AleloMicro e formato Darwin Core
- 1.1 Coleção
- 1.2 Taxonomia
- 1.3 Hospedeiro
- 1.4 Código de outras instituições
- 1.5 codigos_outras_instituicoes
- 1.6 nome_pais
- 1.7 nome_estado
- 1.8 nome_municipio
- 1.9 altitude
- 1.10 latitude
- 1.11 longitude
- 1.12 substrato
- 1.13 bioma_brasileiro
- 1.14 categoria_linhagem
- 1.15 metodo_identificacao
- 1.16 metodo_isolamento
- 1.17 meio_cultura_isolamento
- 1.18 coletores
- 1.19 identificadores
- 1.20 isoladores
- 2 Referências
Dicionário de mapeamento de atributos entre a base do AleloMicro e formato Darwin Core
A documentação a seguir apresenta o dicionário de conversão de tabela de dados para integração dos sistemas AleloMicro e Darwin Core.
Coleção
| AleloMicro | Darwin Core | saída (ex.) |
|---|---|---|
| sgl_subcolecao; '-'; nme_cubcolecao; | subcolecao | CFI - Fungos de Invertebrados |
| sgl_escopo; ' '; idt_linhagem; '/'; pfx_subcolecao; ' '; num_subcolecao | catalogNumber | BRM 000001/CG 3 |
| 'BRA/'; sgl_subcolecao; '/'; sgl_escopo; idt_linhagem; '/'; pfx_subcolecao; ' '; num_subcolecao | occurredID | BRA/CFI/BRM 000001/CG 3 |
| PreservedSpecimen | basisofrecord | (*) |
(*) campo não disponível.
SELECT 'Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia' as instituionCode, nme_colecao as collectionCode, sgl_subcolecao || '-' || nme_subcolecao AS subcolecao, sgl_escopo || ' ' || LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' || pfx_subcolecao || ' ' || CAST(num_subcolecao AS VARCHAR) AS catalogNumber, 'BRA/' || sgl_subcolecao || '/' || sgl_escopo || ' ' || LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' || pfx_subcolecao || ' ' || CAST(num_subcolecao AS VARCHAR) AS occurrenceID, 'PreservedSpecimen' as basisofrecord,
Taxonomia
| AleloMicro | Darwin Core | saída (ex.) |
|---|---|---|
| niv.idt_nivel: 3=class; 4=order; 5=family; 6=genus; 7=species; 8=subspecies | taxonRank | |
| "reino": (case when niv.idt_nivel>0; taxtata8.nme_taxonomia; ',') | kingdom | |
| "filo": (case when niv.idt_nivel>1; taxTata7.nme_taxonomia; ',') | phylum | |
| "classe": (case when niv.idt_nivel>2; taxTata6.nme_taxonomia; ',';) | class | |
| "ordem": (case when niv.idt_nivel>3, taxTata.nme_taxonomia; ',';) | order | |
| "família": (case when when niv.idt_nivel>4; taxBisa.nme_taxonomia; ',';) | family | |
| "gênero": (case when niv.idt_nivel>5, taxAvo.nme_taxonomia; ',';) | genus | |
| "espécie": (case when niv.idt_nivel>6; taxPai.nme_taxonomia; ',';) | specificEpithet | |
| "subespécie": (case when niv.idt_nivel>7; tax.nme_taxonomia; ',';) | infraspecificEpithet |
--"Nivel taxonomia" => niv.idt_nivel: 3=class; 4=order; 5=family; 6=genus; 7=species; 8=subspecies
case when niv.idt_nivel = 3 then 'class' else
case when niv.idt_nivel = 4 then 'order' else
case when niv.idt_nivel = 5 then 'family' else
case when niv.idt_nivel = 6 then 'genus' else
case when niv.idt_nivel = 7 then 'species' else
case when niv.idt_nivel = 8 then 'subspecies' else end
end
end
end
end
end as taxonRank,
--"reino": niv.idt_nivel>0; taxtata8.nme_taxonomia; ',' => "kingdom" case when niv.idt_nivel>0 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 1) else end as kingdom,
--"filo": niv.idt_nivel>1; taxTata7.nme_taxonomia; ',' => "phylum" case when niv.idt_nivel>1 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 2) else end as phylum,
--"classe" niv.idt_nivel>2; taxTata6.nme_taxonomia; ','; => "class" case when niv.idt_nivel>2 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 3) else end as class,
--"ordem": niv.idt_nivel>3, taxTata.nme_taxonomia; ','; => "order" case when niv.idt_nivel>3 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 4) else end as order,
--"família": niv.idt_nivel>4; taxBisa.nme_taxonomia; ','; => "family" case when niv.idt_nivel>4 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 5) else end as family,
--"gênero": niv.idt_nivel>5, taxAvo.nme_taxonomia; ','; => "genus" case when niv.idt_nivel>5 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 6) else end as genus,
--"espécie": niv.idt_nivel>6; taxPai.nme_taxonomia; ','; => "specificEpithet" case when (case when niv.idt_nivel>6 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 7) else end) = 'sp.' then else (case when niv.idt_nivel>6 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 7) else end) end as specificEpithet,
--"subespécie": niv.idt_nivel>7; tax.nme_taxonomia; ','; => "infraspecificEpithet" case when niv.idt_nivel>7 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 8) else end as infraspecificEpithet,
Hospedeiro
| AleloWiki | Darwin Core | ex. |
|---|---|---|
| CASE WHEN nivAvoH.nme_nivel='Gênero' => taxAvoH.nme_taxonomia | ||
| CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Espécie' => taxPaiH.nme_taxonomia | ||
| CASE WHEN nivH.nme_nivel='Subcategoria' => taxH.nme_taxonomia | ||
| "Gênero Espécie Subcategoria" | hospedeiro |
replace(
(CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN ELSE
CASE WHEN nivAvoH.nme_nivel='Gênero' THEN taxAvoH.nme_taxonomia ELSE CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Gênero' THEN taxPaiH.nme_taxonomia ELSE END END
END ||
CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN ELSE
CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Espécie' THEN (' ' || taxPaiH.nme_taxonomia) ELSE CASE WHEN nivH.nme_nivel='Espécie' THEN (' ' || taxH.nme_taxonomia) ELSE END END
END ||
CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN ELSE
CASE WHEN nivH.nme_nivel='Subcategoria' THEN (' ' || taxH.nme_taxonomia) ELSE END
end), ' sp.', ) AS hospedeiro,
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
Código de outras instituições
| AleloWiki | Darwin Core | ex. |
|---|---|---|
| num_codigo (mic.tbl_codigos AS cod) | ||
| nme_instituicao (sis.tbl_instituicoes AS insCod) | ||
| (cod) insCod, '; ' | otherCatalogNumbers | (uv-032) Universidade Federal de Viçosa; |
(SELECT STRING_AGG('(' || num_codigo || ') ' || insCod.nme_instituicao, '; ')
FROM mic.tbl_codigos AS cod JOIN sis.tbl_instituicoes AS insCod ON
insCod.idt_instituicao=cod.cod_instituicao
WHERE cod_linhagem=idt_linhagem)
AS otherCatalogNumbers,
| AleloWiki | Darwin Core | ex. |
|---|---|---|
| nme_pais | country | Brasil |
| nme_estado | stateProvince | Ceará |
| nme_municipio | county | Sobral |
CASE WHEN (nme_pais ILIKE '%Não%') THEN ELSE nme_pais END AS country, CASE WHEN (nme_estado ILIKE '%Não%') THEN ELSE nme_estado END AS stateProvince, CASE WHEN (sts_municipio_publico AND nme_municipio ILIKE '%Não%') THEN ELSE nme_municipio END AS county,
CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS minimumElevationInMeters, CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS maximumElevationInMeters, CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_latitude ELSE NULL END AS decimalLatitude, CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_longitude ELSE NULL END AS decimalLongitude, subs.nme_descritor as substrato,
(SELECT STRING_AGG(nme_descritor, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Bioma Brasileiro' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS habitat,
codigos_outras_instituicoes
nome_pais
nome_estado
nome_municipio
(SELECT STRING_AGG('(' || num_codigo || ') ' || insCod.nme_instituicao, '; ')
FROM mic.tbl_codigos AS cod JOIN sis.tbl_instituicoes AS insCod ON insCod.idt_instituicao=cod.cod_instituicao
WHERE cod_linhagem=idt_linhagem)
AS CODIGOS_OUTRAS_INSTITUICOES,
CASE WHEN (nme_pais ILIKE '%Não%') THEN ELSE nme_pais END AS nome_pais,
CASE WHEN (nme_estado ILIKE '%Não%') THEN ELSE nme_estado END AS nome_estado,
CASE WHEN (sts_municipio_publico AND nme_municipio ILIKE '%Não%') THEN ELSE nme_municipio END AS
nome_municipio,
altitude
latitude
longitude
substrato
CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS altitude, CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_latitude ELSE NULL END AS latitude , CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_longitude ELSE NULL END AS longitude,
subs.nme_descritor as substrato,
bioma_brasileiro
(SELECT STRING_AGG(nme_descritor, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Bioma Brasileiro' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS Bioma_BR_habitat,
categoria_linhagem
metodo_identificacao
left(case when
(SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
WHERE nme_grupo_descritor='Método de Identificação' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND
cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null
then else
(SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
WHERE nme_grupo_descritor='Método de Identificação' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND
cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | '
end
||
metodo_isolamento
case when (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Método de Isolamento' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null then else (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Método de Isolamento' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | ' end ||
meio_cultura_isolamento
case when (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Meio de Cultura de Isolamento' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null then else (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Meio de Cultura de Isolamento' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | ' end, -3) AS sampling_protocol,
coletores
(SELECT STRING_AGG(nme_grupo_descritor || ': ' || nme_usuario, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario WHERE left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS pessoas,
(SELECT STRING_AGG(nme_usuario, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario WHERE nme_grupo_descritor='Coletor' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS coletores_recordby,
identificadores
(SELECT STRING_AGG(nme_usuario, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario WHERE nme_grupo_descritor='Identificador' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS identificadores_identifiedby,
isoladores
left( case when (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Categoria da Linhagem' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null then else 'Categoria da Linhagem: ' || (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Categoria da Linhagem' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | ' end || case when (SELECT STRING_AGG(nme_usuario, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario WHERE nme_grupo_descritor='Isolador' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null then else 'Isolador: ' || (SELECT STRING_AGG(nme_usuario, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario WHERE nme_grupo_descritor='Isolador' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | ' end, -3) AS identificationremarks,
datas?
dta_coleta as eventdate, dta_primeiro_lote as dateidentified
FROM mic.tbr_escopos JOIN mic.tbl_subcolecoes AS sub ON idt_escopo=cod_escopo JOIN sis.tbl_instituicoes as insSub ON insSub.idt_instituicao=sub.cod_instituicao JOIN mic.tbl_colecoes ON idt_colecao=cod_colecao JOIN mic.tbl_linhagens AS lin ON idt_subcolecao=lin.cod_subcolecao JOIN mic.tbl_acessos AS ac ON idt_linhagem=cod_linhagem LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS tax ON tax.idt_taxonomia = lin.cod_taxonomia LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxPai ON taxPai.idt_taxonomia = tax.cod_pai LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxAvo ON taxAvo.idt_taxonomia = taxPai.cod_pai LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxBisa ON taxBisa.idt_taxonomia = taxAvo.cod_pai LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxTata ON case when taxBisa.cod_pai is null then false else taxTata.idt_taxonomia = taxBisa.cod_pai end LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxTata6 ON case when taxTata.cod_pai is null then false else taxTata6.idt_taxonomia = taxTata.cod_pai end LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxTata7 ON case when taxTata.cod_pai is null then false else taxTata7.idt_taxonomia = taxTata6.cod_pai end LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxTata8 ON case when taxTata.cod_pai is null then false else taxTata8.idt_taxonomia = taxTata7.cod_pai end LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS niv ON niv.idt_nivel=tax.cod_nivel
LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxH ON taxH.idt_taxonomia = lin.cod_hospedeiro LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxPaiH ON taxPaiH.idt_taxonomia = taxH.cod_pai LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxAvoH ON taxAvoH.idt_taxonomia = taxPaiH.cod_pai LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxBisaH ON taxBisaH.idt_taxonomia = taxAvoH.cod_pai LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivH ON nivH.idt_nivel=taxH.cod_nivel LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivPaiH ON nivPaiH.idt_nivel=taxPaiH.cod_nivel LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivAvoH ON nivAvoH.idt_nivel=taxAvoH.cod_nivel LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivBisaH ON nivBisaH.idt_nivel=taxBisaH.cod_nivel
LEFT JOIN sis.tbl_municipios mun ON mun.idt_municipio = lin.cod_municipio LEFT JOIN sis.tbl_estados est ON est.idt_estado = mun.cod_estado LEFT JOIN sis.tbr_paises pais ON pais.idt_pais = est.cod_pais
LEFT join mic.tbr_descritores AS subs on lin.cod_substrato = subs.idt_descritor AND subs.cod_grupo_descritor = 4 WHERE idt_colecao=3 AND pais.idt_pais=28 AND ac.sts_publico and sub.sts_publica and tax.cod_nivel>3 AND (NOT tax.nme_taxonomia ILIKE '%Não%');
