Mudanças entre as edições de "AleloMicro-SiBBR: dicionário de dados"
(→nome_municipio) |
(→substrato) |
||
Linha 222: | Linha 222: | ||
===substrato=== | ===substrato=== | ||
+ | |||
+ | CASE WHEN (nme_pais ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_pais END AS nome_pais, | ||
+ | CASE WHEN (nme_estado ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_estado END AS nome_estado, | ||
+ | CASE WHEN (sts_municipio_publico AND nme_municipio ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_municipio END AS | ||
+ | nome_municipio, | ||
+ | |||
+ | CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS altitude, | ||
+ | CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_latitude ELSE NULL END AS latitude , | ||
+ | CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_longitude ELSE NULL END AS longitude, | ||
+ | |||
+ | subs.nme_descritor as substrato, | ||
===bioma_brasileiro=== | ===bioma_brasileiro=== |
Edição das 18h52min de 18 de novembro de 2020
A Plataforma Alelo Recursos Genéticos, da qual faz parte o Sistema AleloMicro, participa de projetos e iniciativas de compartilhamento de dados e informações de recursos genéticos de microrganismos em favor da valorização dos acervos e da atividade de conservação de recursos genéticos com objetivo de promover o desenvolvimento da pesquisa voltada a alimentação e agricultura. A integração das bases de dados do Sistema AleloMicro com o sistema SiBBr foi constituída a partir da ferramenta IPT (Integrated Publishing Toolkit) para estrutruração de conjunto de dados definidos a partir do reconhecimento dos padrões admitidos no desenho de informações do sistema Darwin Core. A documentação a seguir apresenta o dicionário de conversão de tabela de dados de ambos os sistemas.
Índice
- 1 nme_escopo
- 2 nme_instituicao
- 3 nme_colecao
- 4 subcolecao
- 5 brm
- 6 codigo_subcolecao
- 7 familia
- 8 genero
- 9 especie
- 10 subcategoria_taxonomia
- 11 hosp_familia
- 12 hosp_genero
- 13 hosp_especie
- 14 hosp_subcategoria
- 15 codigos_outras_instituicoes
- 16 nome_pais
- 17 nome_estado
- 18 nome_municipio
- 19 altitude
- 20 latitude
- 21 longitude
- 22 substrato
- 23 bioma_brasileiro
- 24 categoria_linhagem
- 25 metodo_identificacao
- 26 metodo_isolamento
- 27 meio_cultura_isolamento
- 28 coletores
- 29 identificadores
- 30 isoladores
- 31 Referências
nme_escopo
nme_instituicao
nme_colecao
subcolecao
SELECT 'Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia' AS nme_instituicao, nme_colecao, sgl_subcolecao || '-' || nme_subcolecao AS subcolecao, sgl_escopo || ' ' || LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' || pfx_subcolecao || ' ' || CAST(num_subcolecao AS VARCHAR) AS numero_catalogo, 'BRA/' || sgl_subcolecao || '/' || sgl_escopo || ' ' ||
brm
codigo_subcolecao
LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' || pfx_subcolecao || ' ' || CAST(num_subcolecao AS VARCHAR) AS idt_ocorrencia, 'PreservedSpecimen' as basisofrecord,
familia
genero
especie
subcategoria_taxonomia
case when niv.idt_nivel = 3 then 'class' else case when niv.idt_nivel = 4 then 'order' else case when niv.idt_nivel = 5 then 'family' else case when niv.idt_nivel = 6 then 'genus' else case when niv.idt_nivel = 7 then 'species' else case when niv.idt_nivel = 8 then 'subspecies' else end end end end end end as rank_taxonomico,
reino
case when niv.idt_nivel>0 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 1) else end as reino,
filo
case when niv.idt_nivel>1 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 2) else end as filo,
classe
case when niv.idt_nivel>2 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 3) else end as classe,
ordem
case when niv.idt_nivel>3 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 4) else end as ordem,
familia
case when niv.idt_nivel>4 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 5) else end as familia,
genero
case when niv.idt_nivel>5 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 6) else end as genero,
especie
case when (case when niv.idt_nivel>6 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 7) else end) = 'sp.' then else (case when niv.idt_nivel>6 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 7) else end) end as especie,
subcategoria
case when niv.idt_nivel>7 then split_part( (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata7.nme_taxonomia is null then else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata6.nme_taxonomia is null then else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || case when taxTata.nme_taxonomia is null then else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || case when taxBisa.nme_taxonomia is null then else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || case when taxAvo.nme_taxonomia is null then else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || case when taxPai.nme_taxonomia is null then else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || case when tax.nme_taxonomia is null then else tax.nme_taxonomia end), ',', 8) else end as subcategoria,
hosp_familia
hosp_genero
hosp_especie
hosp_subcategoria
replace( (CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN ELSE CASE WHEN nivAvoH.nme_nivel='Gênero' THEN taxAvoH.nme_taxonomia ELSE CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Gênero' THEN taxPaiH.nme_taxonomia ELSE END END END || CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN ELSE CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Espécie' THEN (' ' || taxPaiH.nme_taxonomia) ELSE CASE WHEN nivH.nme_nivel='Espécie' THEN (' ' || taxH.nme_taxonomia) ELSE END END END || CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN ELSE CASE WHEN nivH.nme_nivel='Subcategoria' THEN (' ' || taxH.nme_taxonomia) ELSE END end), ' sp.', ) AS hospedeiro,
codigos_outras_instituicoes
nome_pais
nome_estado
nome_municipio
(SELECT STRING_AGG('(' || num_codigo || ') ' || insCod.nme_instituicao, '; ') FROM mic.tbl_codigos AS cod JOIN sis.tbl_instituicoes AS insCod ON insCod.idt_instituicao=cod.cod_instituicao WHERE cod_linhagem=idt_linhagem) AS CODIGOS_OUTRAS_INSTITUICOES,
altitude
latitude
longitude
substrato
CASE WHEN (nme_pais ILIKE '%Não%') THEN ELSE nme_pais END AS nome_pais, CASE WHEN (nme_estado ILIKE '%Não%') THEN ELSE nme_estado END AS nome_estado, CASE WHEN (sts_municipio_publico AND nme_municipio ILIKE '%Não%') THEN ELSE nme_municipio END AS nome_municipio,
CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS altitude, CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_latitude ELSE NULL END AS latitude , CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_longitude ELSE NULL END AS longitude,
subs.nme_descritor as substrato,