Mudanças entre as edições de "Endereço de armazenamento e conservação"

De AleloWiki
Ir para: navegação, pesquisa
(→‎Cluster)
 
(40 revisões intermediárias por 4 usuários não estão sendo mostradas)
Linha 1: Linha 1:
−
No [[Sistema Alelo BAG]], A identificação ou endereço do local de armazenamento e conservação do recurso genético foi estabelecido de forma hierárquica por meio dos elementos:
+
==Sistema AleloVegetal==
−
<br>
+
 
−
-. [[instituição]]<br>
+
No [[Sistema AleloVegetal]], A identificação ou endereço do local de armazenamento e conservação do recurso genético foi estabelecido de forma hierárquica por meio dos elementos:
−
-.- [[local]]<br>
+
 
−
-.-.- [[banco]]<br>
+
*-. [[instituição]]
−
-.-.-.- [[locus]]<br>
+
**-.- [[local]]
−
-.-.-.-.- [[cluster]]<br>
+
***-.-.- [[banco]]
−
-.-.-.-.-.- [[estrutura]]<br>
+
****-.-.-.- [[locus]]
 +
*****-.-.-.-.- [[cluster]]
 +
******-.-.-.-.-.- [[estrutura]]
 +
 
 +
O [[Sistema AleloVegetal]] possui [[tabelas de referência]] denominadas '''Instituições''' e '''Localidades''', encontradas no menu "Tabelas" do módulo "Gestão", e tabelas de referência de nomes Locus, Cluster e Estrutura''', no menu "Tabelas" do módulo "[[Conservação]]".
 
Descreve-se a seguir esses elementos:
 
Descreve-se a seguir esses elementos:
−
<br>
 
−
'''a) [[Instituição]]'''
 
−
<br>
 
−
Refere-se à empresa privada ou órgão público responsável pelo armazenamento e conservação do RG. São exemplos de instituição: Embrapa Cenargen, Embrapa Amazônia Oriental, Instituto Agronômico do Paraná, etc.
 
−
São também instituições os parques nacionais, as reservas biológicas, as unidades estaduais, municipais e privadas de conservação, e as propriedades particulares de pessoas ou associações que reconhecidamente executam atividades de manejo e conservação de RG.
 
−
<br>
 
−
'''b) [[Local]]'''
 
−
<br>
 
−
Refere-se a um país, à uma unidade da federação, à uma cidade ou a um bairro onde se localiza a instituição responsável pelo armazenamento e conservação do RG. Contem ainda informações de georeferenciamento (latitude e longitude) desse local. Cada local cadastrado tem um “local de referência” que possibilita subir na hierarquia de locais. Assim, se o local for um bairro, ele terá como “local de referência” a cidade onde se situa esse bairro; se for uma cidade, terá como “local de referência” a unidade da federação (UF) onde situa-se essa cidade e assim por diante. O atributo “tipo de local” indica se o registro é referente a um bairro, cidade, UF, país ou continente.
 
−
<br>
 
−
'''c) [[Banco]]'''
 
−
<br>
 
−
Refere-se aos bancos ativos de germoplasma bem como às coleções de germoplasma, coleções de trabalho e outros tipos se houver. Identifica o tipo de banco, em qual grande grupo de RG o banco se classifica (animal, vegetal e microorganismo) e a instituição à qual pertence o banco. Deve-se lembrar que uma instituição pode sediar mais de um BAG, daí a necessidade de caracterizá-los separadamente.
 
−
<br>
 
−
'''d) [[Locus]]'''
 
−
<br>
 
−
O RG pode ser conservado nos mais diversos recintos a depender de suas características ou devido a condicionantes de capacidade financeira e ou tecnológica da instituição, dentre outros; esses recintos são aqui denominados locus. Dentre os locus possíveis, citam-se como exemplos, um prédio de uma instituição, uma área reservada para os telados em uma empresa, uma “várzea” em uma instituição do tipo reserva biológica federal etc.
 
−
<br>
 
−
'''e) [[Cluster]]'''
 
−
<br>
 
−
O cluster é a denominação de um conjunto de dispositivos existentes no locus e que tenham as mesmas propriedades. Por exemplo, sendo o locus caracterizado como “Prédio da Coleção de Base na Embrapa Cenargen (Colbase)” , identifica-se como um cluster as câmaras frias de longo prazo, agrupando-se em um cluster específico aquelas que tenham o mesmo modelo, tamanho e demais propriedades físicas iguais. Um segundo exemplo, sendo o locus caracterizado como “área de telados da Embrapa Meio-Norte (CPAMN), identifica-se como um cluster os telados que tenham as mesmas características e propriedades como tamanho, dispositivo para controle de umidade, dispositivo para irrigação mecânica etc. Por fim, como terceiro exemplo, cita-se a câmara fria da Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF): essa câmara é dividida em módulos numerados sequencialmente havendo dois tipos de módulos, com capacidade ou tamanho diferente; nesse ambiente, a câmara é o locus e cada tipo de módulo forma um cluster.
 
−
<br>
 
−
'''f) [[Estrutura]]'''
 
−
<br>
 
−
A estrutura é a última unidade da forma de endereçamento. Uma estrutura pode se dividir hierarquicamente em estruturas menores, quantas vezes se desejar na hierarquia. A primeira estrutura considerada é o dispositivo que foi agrupado para formar o cluster.
 
−
No exemplo da Colbase, as câmaras frias A, B e C são aqui tratadas como a primeira estrutura, sendo registrado a quantidade de câmaras com as mesmas propriedades (3 unidades), a forma como são identificadas (se por número seqüencial ou por letras), o nome de cada estrutura (câmara fria, nesse caso) etc. Uma ocorrência dessa primeira estrutura, a câmara fria identificada pela letra “A”, por exemplo, é por sua vez dividida em estruturas menores, as estantes. As estantes formam então a segunda hierarquia de estruturas e recebe os mesmos tipos de atributos da estrutura maior. Uma estante é dividida em prateleiras ou níveis, essas então representando a terceira hierarquia de estruturas. Nas prateleiras são armazenados os pacotes numerados sequencialmente, constituindo o quarto nível hierárquico de estrutura.
 
−
No exemplo do CNPAF, o locus câmara fria no qual se identificam dois clusters de módulos, dentro do cluster A, os módulos numerados sequencialmente constituem a primeira hierarquia de estrutura. Os módulos são divididos em faces A e B, as faces representando a segunda hierarquia de estrutura. As faces são divididas em partes identificadas por Face A1, A2, ...B1, B2, ..., as partes formando a terceira hierarquia. Nessas partes, encontram-se os níveis identificados por face A1 nível 1, face A1 nível 2, ..... Os níveis formam a quarta hierarquia da estrutura. Nos níveis são armazenadas as bandejas contendo cada uma, dezenas de frascos plásticos que armazenam as sementes de arroz ou feijão. 
 
  
−
[[categoria: Sistema Alelo BAG]]
+
[[Arquivo:ilustra_conservacao1_locus.png|800px|thumb|none|Desenho do locus de conservação. Fonte:NTI/2019]]
 +
 
 +
===[[Instituição]]===
 +
#Refere-se à instituição pública ou privada, responsável pela atividade de armazenamento e conservação de materiais, de germoplasma, do recurso biológico organizado em forma de coleção ou banco ativo de germoplasma (BAG). São exemplos de instituição: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (Cenargen), Embrapa Amazônia Oriental, Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) etc. São também instituições os parques nacionais, as reservas biológicas, as unidades estaduais, municipais e privadas de conservação, e as propriedades particulares de pessoas ou associações que reconhecidamente executam atividades de manejo e conservação de recursos genéticos. No Sistema AleloVegetal o registro de informações na base de dados e feito de forma independente, de modo a permitir o uso compartilhado em várias instâncias do sistema, evitando duplicações e inconsistência de dados.
 +
 
 +
===[[Local]]===
 +
#Refere-se à unidade política onde se localiza a instituição responsável pelo armazenamento e conservação de recursos genéticos;
 +
#pode ser um município, unidade de federação ou cidade; contem informações de georreferenciamento (latitude e longitude);
 +
#cada local cadastrado no sistema deve estar vinculado a um “local de referência” que possibilite a identificação da estrutura política regional e do país a que pertence. Se o local, por exemplo, for um município ou cidade, ele terá como “local de referência” a unidade regional ou da federação a que pertence; e este, por sua vez, deve estar vinculado a um país;
 +
#A definição do ''local'' é importante para a gestão das informações de uma coleção e possui tratamento especial na base de dados do sistema AleloVegetal, permitindo a gestão, monitoramento e consultas personalizadas na rotina de manejo de dados e informações do sistema.
 +
 
 +
===[[Banco]]===
 +
#Refere-se a [[Banco Ativo de Germoplasma|banco ativos de germoplasma]] ou a outros tipos de coleção admitidas no sistema AleloVegetal para a realização do manejo de dados e informações de forma sistematizada; o termo ''banco'' identifica o nome da coleção na qual as informações do acervo de recursos genéticos serão organizadas.
 +
#Uma instituição pode sediar mais de ''banco'' ou coleção, daí a necessidade de identificar e organizar as informações e atividades de cada um separadamente.
 +
 
 +
===[[Locus]]===
 +
#O acervo de recursos genéticos de uma coleção pode ser conservado nos mais diversos recintos a depender de suas características, da infraestrutura, ou recursos de tecnológica da instituição, dentre outros; esses recintos são denominados no AleloVegetal como ''locus'' de conservação. Dentre os ''locus'' possíveis, citam-se como exemplos, um prédio de uma instituição, uma área reservada para casas de vegetação ou telados, uma “várzea” em uma instituição do tipo reserva biológica federal etc.
 +
 
 +
===[[Cluster]]===
 +
#Estrutura padrão para disposição e conservação de materiais biológicos que apresenta características físicas que permitem a definição de endereços de localização dos materiais nele armazenados, organizados em forma de níveis de hierarquia. Por exemplo, sendo o ''locus'' caracterizado como “Prédio da Coleção de Base”, da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (Cenargen), identifica-se como um ''cluster'' as câmaras frias de longo prazo, por apresentarem o mesmo modelo, tamanho e demais propriedades físicas, como a quantidade de prateleiras e o espaço para disposição de materiais.
 +
 
 +
Um segundo exemplo, sendo o locus caracterizado como “área de telados da Embrapa Meio-Norte (CPAMN), identifica-se como um ''cluster'' os telados que tenham as mesmas características e propriedades como tamanho, dispositivo para controle de umidade, dispositivo para irrigação mecânica etc. Por fim, como terceiro exemplo, cita-se a câmara fria da Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF): essa câmara é dividida em módulos numerados sequencialmente havendo dois tipos de módulos, com capacidade e tamanho diferentes; nesse ambiente, a câmara é o ''locus'' e cada tipo de módulo forma um ''cluster'' específico.
 +
 
 +
===[[Estrutura]]===
 +
 
 +
[[Arquivo:Camara_fria.jpg|400px|thumb|left|alt=Interior de câmara fria|Interior de câmara fria; Foto: Acervo: BAG Arroz e Feijão]]
 +
 
 +
A estrutura é a última unidade da forma de endereçamento. Uma estrutura pode se dividir hierarquicamente em estruturas menores, quantas vezes se desejar na hierarquia. A primeira estrutura considerada é o dispositivo que foi agrupado para formar o ''cluster''. No exemplo da Colbase, as câmaras frias A, B e C são aqui tratadas como a primeira estrutura, sendo registrado a quantidade de câmaras com as mesmas propriedades (3 unidades), a forma como são identificadas (se por número sequencial ou por letras), o nome de cada estrutura (câmara fria, nesse caso) etc. Uma ocorrência dessa primeira estrutura, a câmara fria identificada pela letra “A”, por exemplo, é por sua vez dividida em estruturas menores, as estantes. As estantes formam então a segunda hierarquia de estruturas e recebe os mesmos tipos de atributos da estrutura maior. Uma estante é dividida em prateleiras ou níveis, essas então representando a terceira hierarquia de estruturas. Nas prateleiras são armazenados os pacotes numerados sequencialmente, constituindo o quarto nível hierárquico de estrutura.
 +
No exemplo do [[CNPAF]], o ''locus'' câmara fria no qual se identificam dois clusters de módulos, dentro do cluster A, os módulos numerados sequencialmente constituem a primeira hierarquia de estrutura. Os módulos são divididos em faces A e B, as faces representando a segunda hierarquia de estrutura. As faces são divididas em partes identificadas por Face A1, A2, ...B1, B2, ..., as partes formando a terceira hierarquia. Nessas partes, encontram-se os níveis identificados por face A1 nível 1, face A1 nível 2, ..... Os níveis formam a quarta hierarquia da estrutura. Nos níveis são armazenadas as bandejas contendo cada uma, dezenas de frascos plásticos que armazenam as sementes de arroz ou feijão.
 +
 
 +
 
 +
[[categoria:Glossário]]
 +
[[categoria:Tabelas de referência]]

Edição atual tal como às 16h59min de 11 de novembro de 2024

Sistema AleloVegetal

No Sistema AleloVegetal, A identificação ou endereço do local de armazenamento e conservação do recurso genético foi estabelecido de forma hierárquica por meio dos elementos:

O Sistema AleloVegetal possui tabelas de referência denominadas Instituições e Localidades, encontradas no menu "Tabelas" do módulo "Gestão", e tabelas de referência de nomes Locus, Cluster e Estrutura, no menu "Tabelas" do módulo "Conservação". Descreve-se a seguir esses elementos:

Desenho do locus de conservação. Fonte:NTI/2019

Instituição

  1. Refere-se à instituição pública ou privada, responsável pela atividade de armazenamento e conservação de materiais, de germoplasma, do recurso biológico organizado em forma de coleção ou banco ativo de germoplasma (BAG). São exemplos de instituição: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (Cenargen), Embrapa Amazônia Oriental, Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) etc. São também instituições os parques nacionais, as reservas biológicas, as unidades estaduais, municipais e privadas de conservação, e as propriedades particulares de pessoas ou associações que reconhecidamente executam atividades de manejo e conservação de recursos genéticos. No Sistema AleloVegetal o registro de informações na base de dados e feito de forma independente, de modo a permitir o uso compartilhado em várias instâncias do sistema, evitando duplicações e inconsistência de dados.

Local

  1. Refere-se à unidade política onde se localiza a instituição responsável pelo armazenamento e conservação de recursos genéticos;
  2. pode ser um município, unidade de federação ou cidade; contem informações de georreferenciamento (latitude e longitude);
  3. cada local cadastrado no sistema deve estar vinculado a um “local de referência” que possibilite a identificação da estrutura política regional e do país a que pertence. Se o local, por exemplo, for um município ou cidade, ele terá como “local de referência” a unidade regional ou da federação a que pertence; e este, por sua vez, deve estar vinculado a um país;
  4. A definição do local é importante para a gestão das informações de uma coleção e possui tratamento especial na base de dados do sistema AleloVegetal, permitindo a gestão, monitoramento e consultas personalizadas na rotina de manejo de dados e informações do sistema.

Banco

  1. Refere-se a banco ativos de germoplasma ou a outros tipos de coleção admitidas no sistema AleloVegetal para a realização do manejo de dados e informações de forma sistematizada; o termo banco identifica o nome da coleção na qual as informações do acervo de recursos genéticos serão organizadas.
  2. Uma instituição pode sediar mais de banco ou coleção, daí a necessidade de identificar e organizar as informações e atividades de cada um separadamente.

Locus

  1. O acervo de recursos genéticos de uma coleção pode ser conservado nos mais diversos recintos a depender de suas características, da infraestrutura, ou recursos de tecnológica da instituição, dentre outros; esses recintos são denominados no AleloVegetal como locus de conservação. Dentre os locus possíveis, citam-se como exemplos, um prédio de uma instituição, uma área reservada para casas de vegetação ou telados, uma “várzea” em uma instituição do tipo reserva biológica federal etc.

Cluster

  1. Estrutura padrão para disposição e conservação de materiais biológicos que apresenta características físicas que permitem a definição de endereços de localização dos materiais nele armazenados, organizados em forma de níveis de hierarquia. Por exemplo, sendo o locus caracterizado como “Prédio da Coleção de Base”, da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (Cenargen), identifica-se como um cluster as câmaras frias de longo prazo, por apresentarem o mesmo modelo, tamanho e demais propriedades físicas, como a quantidade de prateleiras e o espaço para disposição de materiais.

Um segundo exemplo, sendo o locus caracterizado como “área de telados da Embrapa Meio-Norte (CPAMN), identifica-se como um cluster os telados que tenham as mesmas características e propriedades como tamanho, dispositivo para controle de umidade, dispositivo para irrigação mecânica etc. Por fim, como terceiro exemplo, cita-se a câmara fria da Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF): essa câmara é dividida em módulos numerados sequencialmente havendo dois tipos de módulos, com capacidade e tamanho diferentes; nesse ambiente, a câmara é o locus e cada tipo de módulo forma um cluster específico.

Estrutura

Interior de câmara fria
Interior de câmara fria; Foto: Acervo: BAG Arroz e Feijão

A estrutura é a última unidade da forma de endereçamento. Uma estrutura pode se dividir hierarquicamente em estruturas menores, quantas vezes se desejar na hierarquia. A primeira estrutura considerada é o dispositivo que foi agrupado para formar o cluster. No exemplo da Colbase, as câmaras frias A, B e C são aqui tratadas como a primeira estrutura, sendo registrado a quantidade de câmaras com as mesmas propriedades (3 unidades), a forma como são identificadas (se por número sequencial ou por letras), o nome de cada estrutura (câmara fria, nesse caso) etc. Uma ocorrência dessa primeira estrutura, a câmara fria identificada pela letra “A”, por exemplo, é por sua vez dividida em estruturas menores, as estantes. As estantes formam então a segunda hierarquia de estruturas e recebe os mesmos tipos de atributos da estrutura maior. Uma estante é dividida em prateleiras ou níveis, essas então representando a terceira hierarquia de estruturas. Nas prateleiras são armazenados os pacotes numerados sequencialmente, constituindo o quarto nível hierárquico de estrutura. No exemplo do CNPAF, o locus câmara fria no qual se identificam dois clusters de módulos, dentro do cluster A, os módulos numerados sequencialmente constituem a primeira hierarquia de estrutura. Os módulos são divididos em faces A e B, as faces representando a segunda hierarquia de estrutura. As faces são divididas em partes identificadas por Face A1, A2, ...B1, B2, ..., as partes formando a terceira hierarquia. Nessas partes, encontram-se os níveis identificados por face A1 nível 1, face A1 nível 2, ..... Os níveis formam a quarta hierarquia da estrutura. Nos níveis são armazenadas as bandejas contendo cada uma, dezenas de frascos plásticos que armazenam as sementes de arroz ou feijão.

Disponível em "https://alelowiki.cenargen.embrapa.br/index.php?title=Endereço_de_armazenamento_e_conservação&oldid=22775"