Mudanças entre as edições de "AleloMicro-SiBBR: dicionário de dados"

Edição atual tal como às 11h15min de 4 de dezembro de 2020

AleloMicro-SiBBR
Configuração
Dicionário de dados

A Plataforma Alelo Recursos Genéticos, da qual faz parte o Sistema AleloMicro, participa de projetos e iniciativas de compartilhamento de dados e informações de recursos genéticos de microrganismos com objetivo de promover o desenvolvimento da pesquisa voltada a alimentação e agricultura. A integração das bases de dados do Sistema AleloMicro com o sistema SiBBr foi constituída a partir da ferramenta IPT (Integrated Publishing Toolkit) para estrutruração de conjunto de dados definidos a partir do reconhecimento dos termos admitidos no desenho de informações do padrão Darwin Core.

Índice

1 Dicionário de identificação de campos de tabela
2 Critérios de busca e impressão
3 Referências

Dicionário de identificação de campos de tabela

O dicionário a seguir apresenta o mapeamento de registros em tabelas de dados para para integração do Sistema AleloMicro e correspondente denominação no sistema Darwin Core. Os nomes de identificação de cada registro são apresentados em tabela com a coluna correspondente a cada um dos sistemas seguido de uma coluna para exemplo do dado ou saída esperada. Abaixo de cada tabela descritiva apresentam-se os códigos SQL de consulta e seleção na base de dados do Sistema AleloMicro.

Coleção, códigos identicadores

AleloMicro	Darwin Core	saída (ex.)
sgl_subcolecao; '-'; nme_cubcolecao;	subcolecao	CFI - Fungos de Invertebrados
sgl_escopo; ' '; idt_linhagem; '/'; pfx_subcolecao; ' '; num_subcolecao	catalogNumber	BRM 000001/CG 3
'BRA/'; sgl_subcolecao; '/'; sgl_escopo; idt_linhagem; '/'; pfx_subcolecao; ' '; num_subcolecao	occurredID	BRA/CFI/BRM 000001/CG 3
PreservedSpecimen	basisofrecord	(*)

(*) campo não disponível.

SELECT 
 'Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia' as instituionCode,
 nme_colecao as collectionCode,
 
 sgl_subcolecao || '-' || nme_subcolecao AS subcolecao,
 
 sgl_escopo || ' ' || LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' ||  pfx_subcolecao || ' ' || 
CAST(num_subcolecao AS VARCHAR) AS catalogNumber,
 
 'BRA/' || sgl_subcolecao || '/' || sgl_escopo || ' ' || LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' ||  
pfx_subcolecao || ' ' || CAST(num_subcolecao AS VARCHAR) AS occurrenceID,
 
 'PreservedSpecimen' as basisofrecord,

Taxonomia da linhagem

AleloMicro	Darwin Core	saída (ex.)
niv.idt_nivel: 3=class; 4=order; 5=family; 6=genus; 7=species; 8=subspecies	taxonRank
"reino": (case when niv.idt_nivel>0; taxtata8.nme_taxonomia; ',')	kingdom
"filo": (case when niv.idt_nivel>1; taxTata7.nme_taxonomia; ',')	phylum
"classe": (case when niv.idt_nivel>2; taxTata6.nme_taxonomia; ',';)	class
"ordem": (case when niv.idt_nivel>3, taxTata.nme_taxonomia; ',';)	order
"família": (case when when niv.idt_nivel>4; taxBisa.nme_taxonomia; ',';)	family
"gênero": (case when niv.idt_nivel>5, taxAvo.nme_taxonomia; ',';)	genus
"espécie": (case when niv.idt_nivel>6; taxPai.nme_taxonomia; ',';)	specificEpithet
"subespécie": (case when niv.idt_nivel>7; tax.nme_taxonomia; ',';)	infraspecificEpithet

--"Nivel taxonomia" => niv.idt_nivel: 3=class; 4=order; 5=family; 6=genus; 7=species; 8=subspecies  
 case when niv.idt_nivel = 3 then 'class' else 
   case when niv.idt_nivel = 4 then 'order' else
     case when niv.idt_nivel = 5 then 'family' else
       case when niv.idt_nivel = 6 then 'genus' else
         case when niv.idt_nivel = 7 then 'species' else
           case when niv.idt_nivel = 8 then 'subspecies' else  end
         end
       end
     end
   end 
 end as taxonRank,

 --"reino": niv.idt_nivel>0; taxtata8.nme_taxonomia; ',' => "kingdom"  
 case when niv.idt_nivel>0 then
  split_part(
  (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then  else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata7.nme_taxonomia is null then  else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata6.nme_taxonomia is null then  else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata.nme_taxonomia is null then  else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxBisa.nme_taxonomia is null then  else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxAvo.nme_taxonomia is null then  else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxPai.nme_taxonomia is null then  else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when tax.nme_taxonomia is null then  else tax.nme_taxonomia end),
  ',', 1)  
 else  end as kingdom,

--"filo": niv.idt_nivel>1; taxTata7.nme_taxonomia; ',' => "phylum"
 case when niv.idt_nivel>1 then
  split_part(
  (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then  else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata7.nme_taxonomia is null then  else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata6.nme_taxonomia is null then  else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata.nme_taxonomia is null then  else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxBisa.nme_taxonomia is null then  else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxAvo.nme_taxonomia is null then  else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxPai.nme_taxonomia is null then  else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when tax.nme_taxonomia is null then  else tax.nme_taxonomia end),
  ',', 2)  
 else  end as phylum,

--"classe" niv.idt_nivel>2; taxTata6.nme_taxonomia; ','; => "class"  
 case when niv.idt_nivel>2 then
  split_part(
  (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then  else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata7.nme_taxonomia is null then  else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata6.nme_taxonomia is null then  else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata.nme_taxonomia is null then  else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxBisa.nme_taxonomia is null then  else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxAvo.nme_taxonomia is null then  else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxPai.nme_taxonomia is null then  else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when tax.nme_taxonomia is null then  else tax.nme_taxonomia end),
  ',', 3)  
 else  end as class,

--"ordem": niv.idt_nivel>3, taxTata.nme_taxonomia; ','; => "order" 
 case when niv.idt_nivel>3 then
  split_part(
  (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then  else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata7.nme_taxonomia is null then  else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata6.nme_taxonomia is null then  else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata.nme_taxonomia is null then  else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxBisa.nme_taxonomia is null then  else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxAvo.nme_taxonomia is null then  else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxPai.nme_taxonomia is null then  else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when tax.nme_taxonomia is null then  else tax.nme_taxonomia end),
  ',', 4)  
else  end as order,

--"família": niv.idt_nivel>4; taxBisa.nme_taxonomia; ','; => "family"
 case when niv.idt_nivel>4 then
  split_part(
  (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then  else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata7.nme_taxonomia is null then  else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata6.nme_taxonomia is null then  else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata.nme_taxonomia is null then  else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxBisa.nme_taxonomia is null then  else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxAvo.nme_taxonomia is null then  else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxPai.nme_taxonomia is null then  else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when tax.nme_taxonomia is null then  else tax.nme_taxonomia end),
  ',', 5)  
else  end as family,

--"gênero": niv.idt_nivel>5, taxAvo.nme_taxonomia; ','; => "genus"
 case when niv.idt_nivel>5 then
  split_part(
  (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then  else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata7.nme_taxonomia is null then  else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata6.nme_taxonomia is null then  else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata.nme_taxonomia is null then  else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxBisa.nme_taxonomia is null then  else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxAvo.nme_taxonomia is null then  else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxPai.nme_taxonomia is null then  else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when tax.nme_taxonomia is null then  else tax.nme_taxonomia end),
  ',', 6)  
else  end as genus,

--"espécie": niv.idt_nivel>6; taxPai.nme_taxonomia; ','; => "specificEpithet"
 case when 
  (case when niv.idt_nivel>6 then
  split_part(
  (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then  else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata7.nme_taxonomia is null then  else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata6.nme_taxonomia is null then  else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata.nme_taxonomia is null then  else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxBisa.nme_taxonomia is null then  else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxAvo.nme_taxonomia is null then  else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxPai.nme_taxonomia is null then  else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when tax.nme_taxonomia is null then  else tax.nme_taxonomia end),
  ',', 7)  
  else  end) = 'sp.' then  else 
  (case when niv.idt_nivel>6 then
  split_part(
  (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then  else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata7.nme_taxonomia is null then  else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata6.nme_taxonomia is null then  else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata.nme_taxonomia is null then  else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxBisa.nme_taxonomia is null then  else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxAvo.nme_taxonomia is null then  else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxPai.nme_taxonomia is null then  else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when tax.nme_taxonomia is null then  else tax.nme_taxonomia end),
  ',', 7)  
  else  end)
end as specificEpithet,

--"subespécie": niv.idt_nivel>7; tax.nme_taxonomia; ','; => "infraspecificEpithet"
 case when niv.idt_nivel>7 then
  split_part(
  (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then  else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata7.nme_taxonomia is null then  else (taxTata7.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata6.nme_taxonomia is null then  else (taxTata6.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxTata.nme_taxonomia is null then  else (taxTata.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxBisa.nme_taxonomia is null then  else (taxBisa.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxAvo.nme_taxonomia is null then  else (taxAvo.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when taxPai.nme_taxonomia is null then  else (taxPai.nme_taxonomia || ',') end || 
  case when tax.nme_taxonomia is null then  else tax.nme_taxonomia end),
  ',', 8)  
else  end as infraspecificEpithet,

Taxonomia do hospedeiro

AleloMicro	Darwin Core	ex.
CASE WHEN nivAvoH.nme_nivel='Gênero' => taxAvoH.nme_taxonomia
CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Espécie' => taxPaiH.nme_taxonomia
CASE WHEN nivH.nme_nivel='Subcategoria' => taxH.nme_taxonomia
"Gênero Espécie Subcategoria"	hospedeiro

replace(
   (CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN  ELSE
   CASE WHEN nivAvoH.nme_nivel='Gênero' THEN taxAvoH.nme_taxonomia ELSE CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Gênero' THEN taxPaiH.nme_taxonomia ELSE  END END 
 END ||
 CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN  ELSE
   CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Espécie' THEN (' ' || taxPaiH.nme_taxonomia) ELSE CASE WHEN nivH.nme_nivel='Espécie' THEN (' ' || taxH.nme_taxonomia) ELSE  END END
 END ||
 CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN  ELSE
   CASE WHEN nivH.nme_nivel='Subcategoria' THEN (' ' || taxH.nme_taxonomia) ELSE  END
 end), ' sp.', )  AS hospedeiro,

Código em outras instituições

AleloMicro	Darwin Core	ex.
num_codigo (mic.tbl_codigos AS cod)
nme_instituicao (sis.tbl_instituicoes AS insCod)
(cod) insCod, '; '	otherCatalogNumbers	(uv-032) Universidade Federal de Viçosa;

(SELECT STRING_AGG('(' || num_codigo || ') ' || insCod.nme_instituicao, '; ')
     FROM mic.tbl_codigos AS cod JOIN sis.tbl_instituicoes AS insCod ON 
insCod.idt_instituicao=cod.cod_instituicao
     WHERE cod_linhagem=idt_linhagem)
    AS otherCatalogNumbers,

Procedência da linhagem

AleloMicro	Darwin Core	ex.
nme_pais	country	Brasil
nme_estado	stateProvince	Ceará
nme_municipio	county	Sobral

 CASE WHEN (nme_pais ILIKE '%Não%') THEN  ELSE nme_pais END AS country,  
 CASE WHEN (nme_estado ILIKE '%Não%') THEN  ELSE nme_estado END AS stateProvince,  
 CASE WHEN (sts_municipio_publico AND nme_municipio ILIKE '%Não%') THEN  ELSE nme_municipio END AS county,

Geolocalização (substrato)

AleloMicro	Darwin Core	ex.
num_altitude	minimumElevationInMeters	232
num_altitude	maximumElevationInMeters	1024
num_latitude	decimalLatitude	36.22
num_longitude	decimalLongitude	48.36
subs.nme_descritor	substrato

 CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS minimumElevationInMeters,
 CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS maximumElevationInMeters,  
 CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_latitude ELSE NULL END AS decimalLatitude,  
 CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_longitude ELSE NULL END AS decimalLongitude,
 subs.nme_descritor as substrato,

Habitat

AleloWiki	Darwin Core	ex.
nme_grupo_descritor='Bioma Brasileiro'	habitat	"Caatinga"

 (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
 JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
 JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
 WHERE nme_grupo_descritor='Bioma Brasileiro' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS 
habitat,

Métodos e protocolos de amostragem

AleloWiki	Darwin Core	ex.
nme_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Método de Identificação'
nme_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Método de Isolamento'
nme_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Meio de Cultura de Isolamento'
'Método de Identificação'; 'Método de Isolamento'; 'Meio de Cultura de Isolamento';	samplingProtocol

--'Método de Identificação' => ... "samplingProtocol"
 left(case when 
   (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
    JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
    JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
    WHERE nme_grupo_descritor='Método de Identificação' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND 
cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null
 then  else 
    (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
    JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
    JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
    WHERE nme_grupo_descritor='Método de Identificação' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND 
cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | '
 end    
 ||

--'Método de Isolamento' => ... "samplingProtocol"
 case when 
   (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
   JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
   JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
   WHERE nme_grupo_descritor='Método de Isolamento' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND 
cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null 
 then  else
   (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
   JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
   JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
   WHERE nme_grupo_descritor='Método de Isolamento' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND 
cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | '
 end  
 ||

--'Meio de Cultura de Isolamento' => ... "samplingProtocol"
 case when
   (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
   JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
   JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
   WHERE nme_grupo_descritor='Meio de Cultura de Isolamento' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND 
cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null 
 then  else 
   (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
   JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
   JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
   WHERE nme_grupo_descritor='Meio de Cultura de Isolamento' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND 
cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | '
 end, -3)  
 AS samplingProtocol,

Pessoas, coletores, identicadores

AleloMicro	Darwin Core	ex.
nme_grupo_descritor: nme_usuario (pessoas)	pessoas
nme_grupo_descritor='Coletor'	coletores_recordby
nme_grupo_descritor='Identificador'	identifiedBy

--Pessoas => "Pessoas"
(SELECT STRING_AGG(nme_grupo_descritor || ': ' || nme_usuario, '; ')
 FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
 JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
 JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario
 WHERE left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS pessoas,

--Coletor => "coletores_recordby"
 (SELECT STRING_AGG(nme_usuario, ' | ')
 FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
 JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
 JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario
 WHERE nme_grupo_descritor='Coletor' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS 
coletores_recordby,

--Identificador => "identifiedBy"
 (SELECT STRING_AGG(nme_usuario, ' | ')
 FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
 JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
 JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario
 WHERE nme_grupo_descritor='Identificador' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS identifiedBy,

Categoria e data da coleta

AleloMicro	Darwin Core	ex.
nme_descritor (WHERE nme_grupo_descritor='Categoria da Linhagem')
nme_descritor (WHERE nme_grupo_descritor='Isolador')
'Categoria da Linhagem'; 'Isolador'	identificationRemarks
dta_coleta	eventDate
dta_primeiro_lote	dateIdentified

--'Categoria da Linhagem' => ... "identificationRemarks"

 left(
 case when 
   (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
   JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
   JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
   WHERE nme_grupo_descritor='Categoria da Linhagem' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND 
cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null 
 then  else
   'Categoria da Linhagem: ' || (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
   JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
   JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
   WHERE nme_grupo_descritor='Categoria da Linhagem' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND 
cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | '
 end 
 ||

--'Isolador' => ... "identificationRemarks"

 case when 
   (SELECT STRING_AGG(nme_usuario, '; ')
   FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
   JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
   JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario
   WHERE nme_grupo_descritor='Isolador' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null 
 then  else
   'Isolador: ' || (SELECT STRING_AGG(nme_usuario, '; ')
   FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
   JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
   JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario
   WHERE nme_grupo_descritor='Isolador' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | '
 end, -3)  
 AS identificationRemarks,

--Datas de coleta e identificação 
 dta_coleta as eventDate, 
 dta_primeiro_lote as dateIdentified

Critérios de busca e impressão

Coleções

 FROM mic.tbr_escopos JOIN mic.tbl_subcolecoes AS sub ON idt_escopo=cod_escopo
 JOIN sis.tbl_instituicoes as insSub ON insSub.idt_instituicao=sub.cod_instituicao
 JOIN mic.tbl_colecoes ON idt_colecao=cod_colecao JOIN mic.tbl_linhagens AS lin ON 
idt_subcolecao=lin.cod_subcolecao
 JOIN mic.tbl_acessos AS ac ON idt_linhagem=cod_linhagem

Taxonomia da linhagem

 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS tax ON tax.idt_taxonomia = lin.cod_taxonomia
 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxPai ON taxPai.idt_taxonomia = tax.cod_pai
 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxAvo ON taxAvo.idt_taxonomia = taxPai.cod_pai
 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxBisa ON taxBisa.idt_taxonomia = taxAvo.cod_pai
 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxTata ON case when taxBisa.cod_pai is null then false else 
taxTata.idt_taxonomia = taxBisa.cod_pai end
 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxTata6 ON case when taxTata.cod_pai is null then false else 
taxTata6.idt_taxonomia = taxTata.cod_pai end
 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxTata7 ON case when taxTata.cod_pai is null then false else 
taxTata7.idt_taxonomia = taxTata6.cod_pai end
 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxTata8 ON case when taxTata.cod_pai is null then false else 
taxTata8.idt_taxonomia = taxTata7.cod_pai end

 LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS niv ON niv.idt_nivel=tax.cod_nivel

Taxonomia do hospedeiro

 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxH ON taxH.idt_taxonomia = lin.cod_hospedeiro
 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxPaiH ON taxPaiH.idt_taxonomia = taxH.cod_pai
 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxAvoH ON taxAvoH.idt_taxonomia = taxPaiH.cod_pai
 LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxBisaH ON taxBisaH.idt_taxonomia = taxAvoH.cod_pai

 LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivH ON nivH.idt_nivel=taxH.cod_nivel
 LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivPaiH ON nivPaiH.idt_nivel=taxPaiH.cod_nivel
 LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivAvoH ON nivAvoH.idt_nivel=taxAvoH.cod_nivel
 LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivBisaH ON nivBisaH.idt_nivel=taxBisaH.cod_nivel

Procedência

 LEFT JOIN sis.tbl_municipios mun ON mun.idt_municipio = lin.cod_municipio
 LEFT JOIN sis.tbl_estados est ON est.idt_estado = mun.cod_estado
 LEFT JOIN sis.tbr_paises pais ON pais.idt_pais = est.cod_pais

Descritores

 LEFT join mic.tbr_descritores AS subs on lin.cod_substrato = subs.idt_descritor AND subs.cod_grupo_descritor = 4

Escopo e país

 WHERE idt_colecao=3 AND pais.idt_pais=28 AND ac.sts_publico and sub.sts_publica and
  tax.cod_nivel>3 AND (NOT tax.nme_taxonomia ILIKE '%Não%');

Referências

Mudanças entre as edições de "AleloMicro-SiBBR: dicionário de dados"

Edição atual tal como às 11h15min de 4 de dezembro de 2020

Índice

Dicionário de identificação de campos de tabela

Coleção, códigos identicadores

Taxonomia da linhagem

Taxonomia do hospedeiro

Código em outras instituições

Procedência da linhagem

Geolocalização (substrato)

Habitat

Métodos e protocolos de amostragem

Pessoas, coletores, identicadores

Categoria e data da coleta

Critérios de busca e impressão

Coleções

Taxonomia da linhagem

Taxonomia do hospedeiro

Procedência

Descritores

Escopo e país

Referências

Menu de navegação

Ferramentas pessoais

Domínios

Variantes

Visualizações

Mais

Pesquisa

Navegação

Ferramentas

@@ Linha 1: / Linha 1: @@
-A Plataforma Alelo Recursos Genéticos, da qual faz parte o Sistema AleloMicro, participa de projetos e iniciativas de compartilhamento de dados e informações de recursos genéticos de microrganismos em favor da valorização dos acervos e da atividade de conservação de recursos genéticos com objetivo de promover o desenvolvimento da pesquisa voltada a alimentação e agricultura. A integração das bases de dados do [[Sistema AleloMicro]] com o sistema [[SiBBr]] foi constituída a partir da ferramenta IPT (''Integrated Publishing Toolkit'') para estrutruração de conjunto de dados definidos a partir do reconhecimento dos padrões admitidos no desenho de informações do sistema ''Darwin Core''.
+{| style="float:right; margin:0 24px; width:30%;"
+|{{MenuAleloMicro-SiBBR}}
+|}
-==Dicionário de conversão de registros==
+A Plataforma Alelo Recursos Genéticos, da qual faz parte o [[Sistema AleloMicro]], participa de projetos e iniciativas de compartilhamento de dados e informações de recursos genéticos de microrganismos com objetivo de promover o desenvolvimento da pesquisa voltada a alimentação e agricultura. A integração das bases de dados do [[Sistema AleloMicro]] com o sistema [[SiBBr]] foi constituída a partir da ferramenta IPT (''Integrated Publishing Toolkit'') para estrutruração de conjunto de dados definidos a partir do reconhecimento dos termos admitidos no desenho de informações do padrão ''[[Darwin Core]]''.
-A documentação a seguir apresenta o dicionário de conversão de tabela de dados para integração dos sistemas AleloMicro e ''Darwin Core''.
+==Dicionário de identificação de campos de tabela==
-===Nome da instituição===
+O dicionário a seguir apresenta o mapeamento de registros em tabelas de dados para para integração do [[Sistema AleloMicro]] e correspondente denominação no sistema ''Darwin Core''. Os nomes de identificação de cada registro são apresentados em tabela com a coluna correspondente a cada um dos sistemas seguido de uma coluna para exemplo do dado ou saída esperada. Abaixo de cada tabela descritiva apresentam-se os códigos SQL de consulta e seleção na base de dados do [[Sistema AleloMicro]].
-''AleloMicro:''nme_escopo | ''Darwin Core'': nme_escopo
+===Coleção, códigos identicadores===
-{| class="wikitable"
-!Tabela
+{| class="wikitable" style="width:100%"
 !AleloMicro
-!
+!''Darwin Core''
-!Darwin Core
+!saída (ex.)
+|-
+|sgl_subcolecao; '-'; nme_cubcolecao;
+|''subcolecao''
+|CFI - Fungos de Invertebrados
+|-
+|sgl_escopo; ' '; idt_linhagem; '/'; pfx_subcolecao; ' '; num_subcolecao
+|''catalogNumber''
+|BRM 000001/CG 3
 |-
-|tbl_instituicoes
+|'BRA/'; sgl_subcolecao; '/'; sgl_escopo; idt_linhagem; '/'; pfx_subcolecao; ' '; num_subcolecao
-|nme_escopo
+|''occurredID''
+|BRA/CFI/BRM 000001/CG 3
+|-
+|PreservedSpecimen
+|''basisofrecord''
+| (*)
+|-
+|}
+(*) ''campo não disponível''.
+ SELECT
+  'Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia' as instituionCode,
+  nme_colecao as collectionCode,
+  sgl_subcolecao || '-' || nme_subcolecao AS subcolecao,
+  sgl_escopo || ' ' || LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' ||  pfx_subcolecao || ' ' ||
+ CAST(num_subcolecao AS VARCHAR) AS catalogNumber,
+  'BRA/' || sgl_subcolecao || '/' || sgl_escopo || ' ' || LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' ||
+ pfx_subcolecao || ' ' || CAST(num_subcolecao AS VARCHAR) AS occurrenceID,
+  'PreservedSpecimen' as basisofrecord,
+===Taxonomia da linhagem===
+{| class="wikitable" style="width:100%"
+!AleloMicro
+!''Darwin Core''
+!saída (ex.)
+|-
+|niv.idt_nivel: 3=class; 4=order; 5=family; 6=genus; 7=species; 8=subspecies
+|''taxonRank''
+|
+|-
+|"reino": (case when niv.idt_nivel>0; taxtata8.nme_taxonomia; ',')
+|''kingdom''
 |
-|nme_escopo
 |-
-|tbl_instituicoes
+|"filo": (case when niv.idt_nivel>1; taxTata7.nme_taxonomia; ',')
-|nme_instituicao
+|''phylum''
 |
-|nme_instituicao
 |-
-|tbl_instituicoes
+|"classe": (case when niv.idt_nivel>2; taxTata6.nme_taxonomia; ',';)
-|nme_colecao
+|''class''
 |
-|nme_colecao
 |-
-|tbl_instituicoes
+|"ordem": (case when niv.idt_nivel>3, taxTata.nme_taxonomia; ',';)
-|nme_subcolecao
+|''order''
 |
-|nme_subcolecao
 |-
-|tbl_instituicoes
+|"família": (case when when niv.idt_nivel>4; taxBisa.nme_taxonomia; ',';)
-|nme_escopo
+|''family''
+|
+|-
+|"gênero": (case when niv.idt_nivel>5, taxAvo.nme_taxonomia; ',';)
+|''genus''
+|
+|-
+|"espécie": (case when niv.idt_nivel>6; taxPai.nme_taxonomia; ',';)
+|''specificEpithet''
+|
+|-
+|"subespécie": (case when niv.idt_nivel>7; tax.nme_taxonomia; ',';)
+|''infraspecificEpithet''
 |
-|nme_escopo
 |-
 |}
-''Composição'': nme_instituicao, nme_colecao, sgl_subcolecao, nme_subcolecao.
+  --"Nivel taxonomia" => niv.idt_nivel: 3=class; 4=order; 5=family; 6=genus; 7=species; 8=subspecies
+  case when niv.idt_nivel = 3 then 'class' else
-===nme_escopo===
-''Darwin Core'': nme_escopo
-===nme_instituicao===
-''Darwin Core'': nme_instituicao
-===nme_colecao===
-''Darwin Core'': nme_colecao
-===subcolecao===
-''Darwin Core'': subcolecao
-''Descrição/ordenamento'': nme_instituicao, nme_colecao, sgl_subcolecao, nme_subcolecao.
- '''Código''':<br>
- SELECT 'Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia'
-     AS nme_instituicao, nme_colecao, sgl_subcolecao || '-' ||
-     nme_subcolecao AS subcolecao, sgl_escopo || ' ' ||
-     LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' ||  pfx_subcolecao || ' ' ||
- '''Exemplo''':<br>
-  Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia-Coleção de Invertebrados-BCI
-===brm===
- CAST(num_subcolecao AS VARCHAR) AS numero_catalogo,
-     'BRA/' || sgl_subcolecao || '/' || sgl_escopo || ' ' ||
-===codigo_subcolecao===
- LPAD(CAST(idt_linhagem AS VARCHAR), 6, '0') || '/' ||
-     pfx_subcolecao || ' ' || CAST(num_subcolecao AS VARCHAR)
-  AS idt_ocorrencia,
-    'PreservedSpecimen' as basisofrecord,
-===familia===
-===genero===
-===especie===
-===subcategoria_taxonomia===
- case when niv.idt_nivel = 3 then 'class' else
      case when niv.idt_nivel = 4 then 'order' else
        case when niv.idt_nivel = 5 then 'family' else
@@ Linha 101: / Linha 106: @@
        end
      end
-   end as rank_taxonomico,
+   end as taxonRank,
-====reino====
+  --"reino": niv.idt_nivel>0; taxtata8.nme_taxonomia; ',' => "kingdom"
+   case when niv.idt_nivel>0 then
-   case when niv.idt_nivel>0 then
     split_part(
     (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then '' else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end ||
@@ Linha 116: / Linha 120: @@
     case when tax.nme_taxonomia is null then '' else tax.nme_taxonomia end),
     ',', 1)
-   else '' end as reino,
+  else '' end as kingdom,
-====filo====
+ --"filo": niv.idt_nivel>1; taxTata7.nme_taxonomia; ',' => "phylum"
+  case when niv.idt_nivel>1 then
-   case when niv.idt_nivel>1 then
     split_part(
     (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then '' else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end ||
@@ Linha 131: / Linha 134: @@
     case when tax.nme_taxonomia is null then '' else tax.nme_taxonomia end),
     ',', 2)
-   else '' end as filo,
+  else '' end as phylum,
-====classe====
-   case when niv.idt_nivel>2 then
+ --"classe" niv.idt_nivel>2; taxTata6.nme_taxonomia; ','; => "class"
+  case when niv.idt_nivel>2 then
     split_part(
     (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then '' else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end ||
@@ Linha 146: / Linha 148: @@
     case when tax.nme_taxonomia is null then '' else tax.nme_taxonomia end),
     ',', 3)
-   else '' end as classe,
+  else '' end as class,
-====ordem====
+ --"ordem": niv.idt_nivel>3, taxTata.nme_taxonomia; ','; => "order"
+  case when niv.idt_nivel>3 then
-   case when niv.idt_nivel>3 then
     split_part(
     (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then '' else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end ||
@@ Linha 161: / Linha 162: @@
     case when tax.nme_taxonomia is null then '' else tax.nme_taxonomia end),
     ',', 4)
-   else '' end as ordem,
+ else '' end as order,
-====familia====
+ --"família": niv.idt_nivel>4; taxBisa.nme_taxonomia; ','; => "family"
+   case when niv.idt_nivel>4 then
-   case when niv.idt_nivel>4 then
     split_part(
     (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then '' else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end ||
@@ Linha 176: / Linha 176: @@
     case when tax.nme_taxonomia is null then '' else tax.nme_taxonomia end),
     ',', 5)
-   else '' end as familia,
+ else '' end as family,
-====genero====
+ --"gênero": niv.idt_nivel>5, taxAvo.nme_taxonomia; ','; => "genus"
+   case when niv.idt_nivel>5 then
-   case when niv.idt_nivel>5 then
     split_part(
     (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then '' else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end ||
@@ Linha 192: / Linha 190: @@
     case when tax.nme_taxonomia is null then '' else tax.nme_taxonomia end),
     ',', 6)
-   else '' end as genero,
+ else '' end as genus,
-====especie====
+ --"espécie": niv.idt_nivel>6; taxPai.nme_taxonomia; ','; => "specificEpithet"
+  case when
-   case when
     (case when niv.idt_nivel>6 then
     split_part(
@@ Linha 221: / Linha 218: @@
     ',', 7)
     else '' end)
-   end as especie,
+ end as specificEpithet,
-====subcategoria====
+ --"subespécie": niv.idt_nivel>7; tax.nme_taxonomia; ','; => "infraspecificEpithet"
+  case when niv.idt_nivel>7 then
-   case when niv.idt_nivel>7 then
     split_part(
     (case when taxTata8.nme_taxonomia is null then '' else (taxTata8.nme_taxonomia || ',') end ||
@@ Linha 236: / Linha 232: @@
     case when tax.nme_taxonomia is null then '' else tax.nme_taxonomia end),
     ',', 8)
-   else '' end as subcategoria,
+ else '' end as infraspecificEpithet,
-===hosp_familia===
+===Taxonomia do hospedeiro===
-===hosp_genero===
+{| class="wikitable" style="width:100%"
+!AleloMicro
-===hosp_especie===
+!''Darwin Core''
+!ex.
-===hosp_subcategoria===
+|-
+|CASE WHEN nivAvoH.nme_nivel='Gênero' => taxAvoH.nme_taxonomia
+|
+|
+|-
+|CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Espécie' => taxPaiH.nme_taxonomia
+|
+|
+|-
+|CASE WHEN nivH.nme_nivel='Subcategoria' => taxH.nme_taxonomia
+|
+|
+|-
+|"Gênero Espécie Subcategoria"
+|''hospedeiro''
+|
+|-
+|}
   replace(
      (CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE
-     CASE WHEN nivAvoH.nme_nivel='Gênero' THEN taxAvoH.nme_taxonomia ELSE CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Gênero' THEN
+     CASE WHEN nivAvoH.nme_nivel='Gênero' THEN taxAvoH.nme_taxonomia ELSE CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Gênero' THEN taxPaiH.nme_taxonomia ELSE '' END END
- taxPaiH.nme_taxonomia ELSE '' END END
    END ||
    CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE
-     CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Espécie' THEN (' ' || taxPaiH.nme_taxonomia) ELSE CASE WHEN
+     CASE WHEN nivPaiH.nme_nivel='Espécie' THEN (' ' || taxPaiH.nme_taxonomia) ELSE CASE WHEN nivH.nme_nivel='Espécie' THEN (' ' || taxH.nme_taxonomia) ELSE '' END END
- nivH.nme_nivel='Espécie' THEN (' ' || taxH.nme_taxonomia) ELSE '' END END
    END ||
    CASE WHEN (taxH.nme_taxonomia ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE
@@ Linha 259: / Linha 270: @@
    end), ' sp.', '')  AS hospedeiro,
-===codigos_outras_instituicoes===
+===Código em outras instituições===
-===nome_pais===
+{| class="wikitable" style="width:100%"
+!AleloMicro
-===nome_estado===
+!''Darwin Core''
+!ex.
-===nome_municipio===
+|-
+|num_codigo (mic.tbl_codigos AS cod)
+|
+|
+|-
+|nme_instituicao (sis.tbl_instituicoes AS insCod)
+|
+|
+|-
+|(cod) insCod, '; '
+|''otherCatalogNumbers''
+|(uv-032) Universidade Federal de Viçosa;
+|-
+|}
   (SELECT STRING_AGG('(' || num_codigo || ') ' || insCod.nme_instituicao, '; ')
-       FROM mic.tbl_codigos AS cod JOIN sis.tbl_instituicoes AS insCod ON insCod.idt_instituicao=cod.cod_instituicao
+       FROM mic.tbl_codigos AS cod JOIN sis.tbl_instituicoes AS insCod ON
+ insCod.idt_instituicao=cod.cod_instituicao
        WHERE cod_linhagem=idt_linhagem)
-      AS CODIGOS_OUTRAS_INSTITUICOES,
+      AS otherCatalogNumbers,
-  CASE WHEN (nme_pais ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_pais END AS nome_pais,
-  CASE WHEN (nme_estado ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_estado END AS nome_estado,
-  CASE WHEN (sts_municipio_publico AND nme_municipio ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_municipio END AS
- nome_municipio,
-===altitude===
+===Procedência da linhagem===
-===latitude===
+{| class="wikitable" style="width:100%"
+!AleloMicro
+!''Darwin Core''
+!ex.
+|-
+|nme_pais
+|''country''
+|Brasil
+|-
+|nme_estado
+|''stateProvince''
+|Ceará
+|-
+|nme_municipio
+|''county''
+|Sobral
+|-
+|}
-===longitude===
+  CASE WHEN (nme_pais ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_pais END AS country,
+  CASE WHEN (nme_estado ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_estado END AS stateProvince,
+  CASE WHEN (sts_municipio_publico AND nme_municipio ILIKE '%Não%') THEN '' ELSE nme_municipio END AS county,
-===substrato===
+===Geolocalização (substrato)===
-  CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS altitude,
+{| class="wikitable" style="width:100%"
-  CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_latitude ELSE NULL END AS latitude ,
+!AleloMicro
-  CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_longitude ELSE NULL END AS longitude,
+!''Darwin Core''
+!ex.
+|-
+|num_altitude
+|''minimumElevationInMeters''
+|232
+|-
+|num_altitude
+|''maximumElevationInMeters''
+|1024
+|-
+|num_latitude
+|''decimalLatitude''
+|36.22
+|-
+|num_longitude
+|''decimalLongitude''
+|48.36
+|-
+|subs.nme_descritor
+|''substrato''
+|
+|-
+|}
+  CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS minimumElevationInMeters,
+  CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_altitude ELSE NULL END AS maximumElevationInMeters,
+  CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_latitude ELSE NULL END AS decimalLatitude,
+  CASE WHEN sts_geo_publico THEN num_longitude ELSE NULL END AS decimalLongitude,
    subs.nme_descritor as substrato,
-===bioma_brasileiro===
+===Habitat===
+{| class="wikitable" style="width:100%"
+!AleloWiki
+!''Darwin Core''
+!ex.
+|-
+|nme_grupo_descritor='Bioma Brasileiro'
+|''habitat''
+|"Caatinga"
+|-
+|}
    (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
@@ Linha 296: / Linha 374: @@
    JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
    WHERE nme_grupo_descritor='Bioma Brasileiro' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS
-  Bioma_BR_habitat,
+  habitat,
-===categoria_linhagem===
+===Métodos e protocolos de amostragem===
-===metodo_identificacao===
+{| class="wikitable" style="width:100%"
+!AleloWiki
+!''Darwin Core''
+!ex.
+|-
+|nme_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Método de Identificação'
+|
+|
+|-
+|nme_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Método de Isolamento'
+|
+|
+|-
+|nme_descritor WHERE nme_grupo_descritor='Meio de Cultura de Isolamento'
+|
+|
+|-
+|'Método de Identificação'; 'Método de Isolamento'; 'Meio de Cultura de Isolamento';
+|''samplingProtocol''
+|
+|-
+|}
-  left(case when
+  --'Método de Identificação' => ... "samplingProtocol"
+  left(case when
      (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
       JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
@@ Linha 308: / Linha 408: @@
       WHERE nme_grupo_descritor='Método de Identificação' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND
   cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null
    then '' else
       (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
       JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
@@ Linha 318: / Linha 417: @@
    ||
-===metodo_isolamento===
+ --'Método de Isolamento' => ... "samplingProtocol"
    case when
      (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
@@ Linha 335: / Linha 433: @@
    ||
-===meio_cultura_isolamento===
+ --'Meio de Cultura de Isolamento' => ... "samplingProtocol"
    case when
      (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, ' | ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
@@ Linha 350: / Linha 447: @@
   cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | '
    end, -3)
-   AS sampling_protocol,
+   AS samplingProtocol,
-===coletores===
+===Pessoas, coletores, identicadores===
-  (SELECT STRING_AGG(nme_grupo_descritor || ': ' || nme_usuario, '; ')
+{| class="wikitable" style="width:100%"
+!AleloMicro
+!''Darwin Core''
+!ex.
+|-
+|nme_grupo_descritor: nme_usuario (pessoas)
+|''pessoas''
+|
+|-
+|nme_grupo_descritor='Coletor'
+|''coletores_recordby''
+|
+|-
+|nme_grupo_descritor='Identificador'
+|''identifiedBy''
+|
+|-
+|}
+ --Pessoas => "Pessoas"
+ (SELECT STRING_AGG(nme_grupo_descritor || ': ' || nme_usuario, '; ')
    FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
    JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
@@ Linha 360: / Linha 477: @@
    WHERE left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS pessoas,
+ --Coletor => "coletores_recordby"
    (SELECT STRING_AGG(nme_usuario, ' | ')
    FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
    JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
    JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario
-   WHERE nme_grupo_descritor='Coletor' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS coletores_recordby,
+   WHERE nme_grupo_descritor='Coletor' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS
+ coletores_recordby,
-===identificadores===
+ --Identificador => "identifiedBy"
+  (SELECT STRING_AGG(nme_usuario, ' | ')
- (SELECT STRING_AGG(nme_usuario, ' | ')
    FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
    JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
    JOIN usr.tbl_usuarios AS us ON lc.cod_usuario=us.idt_usuario
-   WHERE nme_grupo_descritor='Identificador' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS
+   WHERE nme_grupo_descritor='Identificador' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) AS identifiedBy,
- identificadores_identifiedby,
+===Categoria e data da coleta===
-===isoladores===
+{| class="wikitable" style="width:100%"
+!AleloMicro
+!''Darwin Core''
+!ex.
+|-
+|nme_descritor (WHERE nme_grupo_descritor='Categoria da Linhagem')
+|
+|
+|-
+|nme_descritor (WHERE nme_grupo_descritor='Isolador')
+|
+|
+|-
+|'Categoria da Linhagem'; 'Isolador'
+|''identificationRemarks''
+|
+|-
+|dta_coleta
+|''eventDate''
+|
+|-
+|dta_primeiro_lote
+|''dateIdentified''
+|
+|-
+|}
-  left(
+  --'Categoria da Linhagem' => ... "identificationRemarks"
+  left(
    case when
      (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
      JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
      JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
-     WHERE nme_grupo_descritor='Categoria da Linhagem' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null
+     WHERE nme_grupo_descritor='Categoria da Linhagem' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND
+ cod_linhagem=lin.idt_linhagem) is null
    then '' else
      'Categoria da Linhagem: ' || (SELECT STRING_AGG(nme_descritor, '; ') FROM mic.tba_linhagens_descritores AS lc
      JOIN mic.tbr_grupos_descritores AS gd ON gd.idt_grupo_descritor=lc.cod_grupo_descritor
      JOIN mic.tbr_descritores AS dc ON dc.idt_descritor=lc.cod_descritor
-     WHERE nme_grupo_descritor='Categoria da Linhagem' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | '
+     WHERE nme_grupo_descritor='Categoria da Linhagem' AND left(gd.txt_filtro,1)='d' AND
+ cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | '
    end
    ||
+ --'Isolador' => ... "identificationRemarks"
    case when
      (SELECT STRING_AGG(nme_usuario, '; ')
@@ Linha 403: / Linha 554: @@
      WHERE nme_grupo_descritor='Isolador' AND left(gd.txt_filtro,1)='p' AND cod_linhagem=lin.idt_linhagem) || ' | '
    end, -3)
-   AS identificationremarks,
+   AS identificationRemarks,
+ --Datas de coleta e identificação
+  dta_coleta as eventDate,
+  dta_primeiro_lote as dateIdentified
-====datas?====
+==Critérios de busca e impressão==
- dta_coleta as eventdate,
+====Coleções====
-  dta_primeiro_lote as dateidentified
    FROM mic.tbr_escopos JOIN mic.tbl_subcolecoes AS sub ON idt_escopo=cod_escopo
@@ Linha 415: / Linha 569: @@
   idt_subcolecao=lin.cod_subcolecao
    JOIN mic.tbl_acessos AS ac ON idt_linhagem=cod_linhagem
+====Taxonomia da linhagem====
    LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS tax ON tax.idt_taxonomia = lin.cod_taxonomia
    LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxPai ON taxPai.idt_taxonomia = tax.cod_pai
@@ Linha 428: / Linha 584: @@
    LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxTata8 ON case when taxTata.cod_pai is null then false else
   taxTata8.idt_taxonomia = taxTata7.cod_pai end
    LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS niv ON niv.idt_nivel=tax.cod_nivel
+====Taxonomia do hospedeiro====
    LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxH ON taxH.idt_taxonomia = lin.cod_hospedeiro
@@ Linha 435: / Linha 593: @@
    LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxAvoH ON taxAvoH.idt_taxonomia = taxPaiH.cod_pai
    LEFT JOIN tax.tbl_taxonomias AS taxBisaH ON taxBisaH.idt_taxonomia = taxAvoH.cod_pai
    LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivH ON nivH.idt_nivel=taxH.cod_nivel
    LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivPaiH ON nivPaiH.idt_nivel=taxPaiH.cod_nivel
    LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivAvoH ON nivAvoH.idt_nivel=taxAvoH.cod_nivel
    LEFT JOIN tax.tbr_niveis AS nivBisaH ON nivBisaH.idt_nivel=taxBisaH.cod_nivel
+====Procedência====
    LEFT JOIN sis.tbl_municipios mun ON mun.idt_municipio = lin.cod_municipio
    LEFT JOIN sis.tbl_estados est ON est.idt_estado = mun.cod_estado
    LEFT JOIN sis.tbr_paises pais ON pais.idt_pais = est.cod_pais
+====Descritores====
    LEFT join mic.tbr_descritores AS subs on lin.cod_substrato = subs.idt_descritor AND subs.cod_grupo_descritor = 4
+====Escopo e país====
    WHERE idt_colecao=3 AND pais.idt_pais=28 AND ac.sts_publico and sub.sts_publica and
     tax.cod_nivel>3 AND (NOT tax.nme_taxonomia ILIKE '%Não%');
-====finaliza aqui====
 ==Referências==