Mudanças entre as edições de "Uso do alelomicro para as coleções microbianas"

Edição atual tal como às 10h33min de 16 de março de 2018

Descrição

Acesso ao sistema de informação AleloMicro

1. Acessar o site através do link: http://alelomicro.cenargen.embrapa.br/AleloMicro
2. Colocar o CPF e a senha do usuário e clicar no botão “Entrar”.

Alteração de senha

1. Após entrar no sistema, acessar a aba “Minha Conta”, selecionar a opção “Minha Conta” e entrar na opção “Alterar Senha”.
2. Preencher o quadro com a senha enviada pelo administrador, colocar a nova senha no campo indicado e no campo confirmação. Clicar em alterar. A alteração da senha é importante para segurança dos dados no sistema.

Inserir nova linhagem (BRM)

1. Para inserir uma nova linhagem, entrar na aba “Linhagem”, selecionar a opção “BRM” (em azul). Aparecerá uma lista com todas as linhagens já cadastradas na parte principal da tela. Na parte inferior da tabela, selecionar a opção “Adicionar”. O quadro para inserção de uma nova linhagem aparece. Preencher todo o quadro com as informações da linhagem a ser inserida.
2. As informações dos campos que apresentam a figura de um binóculo devem ser inseridas através de buscas com as informações já cadastradas no sistema. Para buscar uma informação, deve-se clicar no símbolo do binóculo, inserir total ou parte do nome desejado e clicar no botão “Buscar”. Selecionar o item desejado e adicionar na tabela de informações através do botão com o símbolo de adição verde (+). Se a informação do campo é única, o símbolo de adição não existe e deve-se somente selecionar a informação depois da busca. Se nada é colocado no quadro de busca e o botão “buscar” é acionado, uma lista contendo todas as informações para aquele item é gerada.
3. Os descritores representam informações diversas da linhagem, como Coletor, Método de identificação, Isolador, etc. Selecionar o descritor desejado e através da ferramenta de busca (binóculo) identificar o item desejado (valor do descritor), e adicioná-lo ao quadro através do símbolo de adição (+).
4. Após completar o quadro da linhagem, clicar em “Adicionar”.
5. Após a inclusão da nova linhagem o sistema gera automaticamente uma identificação para cada linhagem incluída, abrangendo todas as coleções do AleloMicro, chamada de BRM (Brasil Microrganismo); o número que aparece deve ser anotado em um caderno ou planilha para o cadastro posterior do Acesso.

OBS. No cadastro da linhagem existem as opções de informação sobre o “substrato” e o “hospedeiro”. O usuário, preferencialmente, deve preencher apenas um dos descritores baseado nas definições dos descritores apresentadas no final dessa instrução.

Inserir acesso na Subcoleção

1. Após a criação do BRM, o passo seguinte é inserir o novo acesso na sua subcoleção: Entrar na aba “Subcoleções”, selecionar a subcoleção desejada (Exemplo: CBI), aparecerá uma listagem de todos os acessos existente na subcoleção. Na parte inferior dessa lista, selecionar o botão “Adicionar”.
2. No primeiro campo, “Linhagem”, clicar no símbolo do binóculo e inserir no campo de busca o número do BRM que foi gerado anteriormente. Ao confirmar seu isolado, selecionar o BRM. No item “Código do acesso na coleção” e no item “Código do acesso na subcoleção”, clicar uma única vez na “seta azul” e o número será gerado automaticamente, seguindo a ordem numérica da subcoleção. Inserir as informações do acesso na subcoleção e clicar no botão “Adicionar”.

Adicionar Taxonomia

1. Caso a taxonomia procurada não seja encontrada na busca, deve-se cadastrar nova taxonomia no sistema. Tal procedimento só é permitido para alguns perfis de usuário do AleloMicro (ou seja, somente pessoas autorizadas).
2. Antes de adicionar nova taxonomia confirmar sua ausência na tabela de táxons do sistema, através das buscas, utilizando o botão “Filtrar” em cada táxon a ser desejado.
3. Selecionar a aba “Taxonomia”. Selecionar a categoria a ser inserida. Lembrando que para adicionar nova taxonomia, todas as categorias, acima daquela a ser inserida, devem ser preenchidas. Por exemplo, caso necessite adicionar uma nova espécie, e o sistema só possua até a classe desejada, comece adicionando a nova ordem, depois adicione a nova família, depois adicione o novo gênero e só depois adicione a espécie.
4. Para adicionar a taxonomia desejada, selecione a categoria (Reino, Filo, etc), clique em adicionar. Busque a classe acima da desejada clicando no símbolo do binóculo e escreva com cuidado (evitando erros de digitação) a nova taxonomia no campo correspondente.

Inserir valores dos descritores

1. Caso alguma informação de algum descritor não exista no sistema, é possível inseri-la nas tabelas de referência. É possível inserir novos municípios, novas pessoas, novas instituições e novos substratos.
2. Para isso entrar na aba “Tabelas de Referência”, selecionar a opção desejada e na parte inferior clicar em “Adicionar”. Preencher com cuidado o quadro e adicionar o novo valor. É importante garantir que esse valor realmente não exista na tabela. Para isso é necessário fazer uma busca através no ícone “Filtrar” e procurar a informação desejada ou semelhante ao que deseje adicionar.
3. Para cadastrar os outros descritores (Bioma, Categoria da Linhagem, Meio de cultura de isolamento, Método de identificação, Ponto de coleta, Forma de conservação, Meio de cultura para preservação e Status do acesso na Coleção), contatar o administrador do sistema para que ele faça as incorporações das informações, pois a permissão para esse tipo de ação é restrita.

Amostras

Para inserir as amostras dos acessos primeiro é necessário criar os mapas de localização e depois inserir as amostras utilizando os mapas criados.

Criar Mapa de Localização

1. Para criar um mapa de localização, entrar na aba “Subcoleções”, selecionar subcoleção desejada. Na parte inferior, selecionar o item “Localizações”.
2. O mapa deve ser criado pensando na forma e quantidade de subdivisões que se deseja criar para organizar as amostras e os espaços disponíveis para cada método de armazenamento.
3. O nome do mapa fica a critério de cada usuário, mas recomendase que ele represente o método de armazenamento e/ou o tipo de compartimento utilizado. Compartimentos com divisões diferentes devem possuir mapas diferentes. Ex. botijões de N2 com número de paletas por canister diferentes têm capacidade diferente de armazenamento, assim deve ter mapas diferentes.
4. Para inserir a máscara, coloca-se o nome do compartimento (geladeira, prateleira, caixa, etc) e, dentro de colchetes, coloca-se a quantidade existente desse compartimento.
5. Para identificar intervalo, usa-se o traço, por exemplo, caixa [1-4], significa que existem as caixas 1,2,3 e 4. Para identificar cada item qualitativamente, utiliza-se a vírgula, por exemplo: geladeira [verde, amarela, azul] significa que existem 3 geladeiras (uma verde, uma amarela e uma azul).
6. Para colocar a próxima subdivisão ou compartimento inserir o símbolo -> e continuar colocando a classificação desejada.
7. A capacidade do Slot representa a quantidade máxima de amostra que cabe na última posição descrita na máscara.
8. Por exemplo:

Nome do mapa = “Armazenamento em N2”. Máscara = Botijão [1-5] -> Canister [1-6] -> Paleta [1-5] -> Posição [T, M, F] Capacidade do Slot = 2 A máscara exemplificada acima mostra que existem 5 botijões idênticos (de 1 a 5), em cada botijão existem 6 canisters (de 1 a 6), em cada canister existem 5 paletas (de 1 a 5) e cada paleta possui 3 posições (T, M e F). A capacidade do slot mostra que em cada posição (T, M e F) cabem no máximo 2 amostras. O sistema calcula a capacidade máxima de amostras que cabem naquele mapa. Nesse caso 5 botijões x 6 canisters x 5 paletas x 3 posições na paleta x 2 criotubos ou amostras em cada posição (slot).

Inserir amostras na subcoleção (material obtido de coleta ou doação)

1. Somente após criar os mapas de localizações é possível inserir amostras na subcoleção. Para inserir amostras, entrar na aba “Subcoleções”, selecionar a subcoleção desejada, selecionar o acesso em que serão inseridas amostras e, na parte inferior da tabela, clicar em “Amostras”. Será aberto o quadro “Amostras do Acesso”.
2. Para adicionar amostras novas provenientes de coletas, selecionar o Mapa desejado, manter o item “Proveniente de retirada” marcado como “Não”, e clicar em “Adicionar”. Preencher as informações na tabela e clicar em “Adicionar”. A quantidade a ser inserida não pode ser superior à determinada pelo curador ou responsável no campo Slot do mapa de localizações previamente criado.

OBS. Para adicionar uma amostra proveniente de repicagem (readicionar novas amostras de um acesso já existente na subcoleção) é necessário antes fazer uma retirada de amostra.

Retirar amostras

1. Para retirar uma amostra, deve-se selecionar a opção “retirar amostra” representada por uma seta azul na frente da descrição da amostra. Preencher a tabela de retirada de amostra e escolher o “Motivo” da retirada.
2. Se os motivos escolhidos forem “Retirada para Intercâmbio” ou “Retirada para pesquisa” a amostra será diminuída da quantidade original, mas ela não servirá de base para a inserção de uma

amostra a partir de repicagem. Se os motivos escolhidos forem “Retirada para repicagem”, “Retirada para repicagem/intercâmbio” ou “Retirada para repicagem/pesquisa” a amostra retirada poderá servir de amostra “mãe” para a inserção de uma nova amostra a partir de repicagem.

1. O campo “Quantidade” identifica a quantidade de amostra que foi retirada e esse número é igual ao que será subtraído da amostra original. Assim esse número não pode ser superior ao número de

amostras existentes naquele método de armazenamento.

Inserir amostras (Repicagem)

1. Para inserir amostras a partir de repicagem, no quadro “Amostras do Acesso”, selecionar o mapa desejado e marcar a opção “Sim” no item “Proveniente de Retirada”.
2. Clicar no botão “Adicionar” e preencher as informações do quadro. Lembrando que as opções de “Amostra de Origem” são somente as retiradas em que os motivos constam repicagem (“Retirada para repicagem”, “Retirada para repicagem/intercâmbio” ou “Retirada para repicagem/pesquisa”). A quantidade a ser inserida não pode ser superior à estabelecida no campo Slot do mapa de localizações somada à quantidade já existente daquela amostra. Ex. se seu Slot tem capacidade para 6 ampolas e já existem 4 ocupando o Slot, a inserção de novas amostras a partir da repicagem e no máximo 2 ampolas.

Resumo dos botões do sistema

1. Adicionar: O botão “Adicionar” permite a adição de um novo item, de acordo com a página que está sendo consultada.
2. Visualizar: O botão visualizar mostra os detalhes do que foi selecionado. Por exemplo, na página das linhagens, após selecionar um BRM, o botão “Visualizar” mostra uma tabela com todos os detalhes cadastrados da linhagem.
3. Alterar: O botão “Alterar” permite a alteração das informações já cadastradas do que foi selecionado.
4. Remover: O botão “Remover” apaga o item que foi selecionado. O BRM ou acesso selecionado será removido do sistema. Lembrando que tal ação só é realizada se o item escolhido não estiver ligado a nenhum acesso de nenhuma subcoleção.
5. Acessos: O botão “Acessos”, localizado na página das Linhagens, mostra se o BRM selecionado está ligado a algum acesso em alguma subcoleção.
6. Fotos:O botão “Fotos”, localizado na página das Linhagens, permite a inclusão de imagens para a linhagem selecionada. Para incluir fotos da linhagem, selecionar o BRM, clicar em “Fotos” e indicar a foto através do botão “Escolher arquivo”. São aceitas fotos em formato JPEG. Não existe limite máximo para o tamanho do arquivo, porém recomendase inserir fotos de até 1 MB.
7. Arquivos:O botão “Arquivos”, localizado na página das Linhagens, permite a inclusão de documentos relacionados à linhagem selecionada. Para incluir arquivos selecionar o BRM, clicar em “Arquivos” e indicar o arquivo através do botão “Escolher arquivo”. São aceitos arquivos de formato PDF sem tamanho máximo definido.
8. Resumo: O botão “Resumo”, localizado na página dos acessos da subcoleção, gera uma tabela contendo todas as espécies existentes na subcoleção, listando a quantidade de acessos de cada uma. É detalhado nessa tabela a quantidade de amostras existentes e os espaços disponíveis para cada mapa de armazenamento na subcoleção.
9. Localizações: O botão “Localizações”, localizado na página dos acessos da subcoleção, permite a criação dos mapas de localizações das amostras.
10. Amostras: O botão “Amostras”, localizado na página dos acessos da subcoleção, permite a manipulação das amostras do acesso selecionado.
11. Retirar amostra: O botão “Retirar amostra”, localizado na tabela de amostras de um acesso, permite a retirada de amostras previamente inseridas.
12. Histórico: O botão “Histórico”, localizado na tabela de de amostras de um acesso, permite a visualização do histórico da amostra escolhida, mostrando a origem e as repicagens sofridas pela amostra.
13. Papéis: O botão “Papéis”, localizado na aba “Tabelas de Referência”, no item “Pessoas”, representa quais papéis a pessoa selecionada terá dentro do sistema, Coletor, Identificador ou Isolador. É importante logo após o cadastro de uma pessoa do item “Pessoas”, já definir os papéis daquela pessoa para que a informação fique disponível na posterior busca dessa pessoa no cadastro das linhagens.
14. Binóculo: O botão “Binóculo” permite a busca da informação que está previamente cadastrada no sistema.
15. Adição: O botão “Adição”, localizado nas tabelas de adição de linhagem ou de acesso, permite a incorporação da informação na tabela, após a busca realizada.
16. Filtrar: O botão “Filtrar” permite a busca da informação que foi escrita no campo ao seu lado, lembrando que essa busca está sempre relacionada ao item selecionado do campo ao lado.
17. Atualizar: O botão “Atualizar” localizado no canto superior direito da página do sistema permite a atualização da página. Em alguns casos, após a adição de algum dado ou valor, o sistema precisa uma atualização para carregar a informação.
18. Sinonímia: O botão “Sinonímia”, localizado na aba Taxonomia, nos itens de espécie e subcategoria (), permite a inclusão de sinonímias daquela espécie ou subcategoria, ou seja, permite o cadastro de nomes antigos que a espécie selecionada já possuiu.
19. Apagar: O botão “Apagar” remove o item selecionado.
20. Editar: O botão “Editar” dos itens da aba de Taxonomia permite a edição da taxonomia selecionada.
21. Excluir: O botão “Excluir”, localizado ao lado do binóculo em alguns campos na inclusão do BRM ou do Acesso, tem a função de apagar a informação que foi selecionada, deixando o campo vazio.

                                                                            Diretório: SQ / Documentos
                                                Arquivo: 038.11.22.11.001 - Instrução Técnica: Uso do Alelomicro para as Coleções
                                                                                    Microbianas